[发明专利]一种与猪背膘厚相关的SNP标记及其利用方法

说明书

本发明公开了一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其利用方法，所述SNP标记位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处，具体C/T多态性，该位点的基因型为TT的猪，相对于基因型为TC和CC的猪具有更低的背膘厚度。本发明提供的与猪背膘厚显著相关的SNP标记，可以用于鉴定或者辅助鉴定猪背膘厚较低的个体，丰富了辅助育种的分子标记，增加了优良猪种的选育速度，加快了猪分子育种的步伐，同时为低背膘厚的猪育种提供了切实可行的方案，提高了猪生产企业的经济效益。

技术领域

本发明属于猪育种技术领域，具体涉及一种与猪背膘厚相关的SNP标记及其利用方法。

背景技术

猪生长性能的高低主要体现在肌肉含量、脂肪含量、猪肉品质以及饲料利用率等方面。在现代畜牧养殖过程中，背膘厚是一类重要的活体性能测定指标。该性状不仅可以影响与瘦肉率相关的生长性状，还会影响与产仔数相关的繁殖性状。同时，在猪重要经济性状遗传改良中，背膘厚也是衡量猪品种优劣的一个重要参考指标，常用于选育优良品种。

研究发现，遗传因素是影响猪背膘厚最主要的原因，但是，目前发现的与猪背膘厚相关的数量性状基因座(QTL)数量比较多，且置信区间较大，因此很难通过QTL图谱鉴定到影响背膘厚的致因突变。

全基因组关联分析是鉴定表型和基因型之间遗传联系的主要手段之一，可以用于鉴定影响背膘厚的SNPs(单核苷酸多态性)。单核苷酸多态性是指在基因组DNA序列上由单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。

因此，发掘与猪背膘厚相关的SNP标记，对猪生长性状的改良和优良猪品种的培育具有重要意义。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，得到一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记，该SNP标记位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处，具有C/T多态性，该位点的基因型为TT的猪，相对于基因型为TC和CC的猪具有更低的背膘厚度，可以通过鉴定该SNP位点的不同等位基因来筛选低背膘厚的猪种，以对猪的生长性状进行改良，缩短了育种周期，加速了改良进程，提高了猪群的经济效益与社会价值，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：

本发明提供了一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处。

其中，所述位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处的SNP标记具有C/T多态性。

其中，所述位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处的SNP标记的等位基因C的基因频率为0.9773，T的基因频率为0.0627。

其中，所述位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处的SNP位点的基因型为TT的猪，相对于基因型为TC和CC的猪具有更低的背膘厚度。

本发明还提供了一种上述SNP标记在评估猪背膘厚方面的应用。

本发明还提供了一种猪背膘厚的遗传改良方法，其中，所述方法包括确定猪核心群中种猪位于猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处的SNP标记，并根据所述标记做出相应选择的步骤。

其中，所述种猪的继代选育猪参考基因组Sscrofa10.2版本序列1号染色体第312,813,451bp处的SNP位点的基因型为TT的个体，淘汰该位点基因型为TC和CC的个体。

本发明所具有的有益效果包括：