[发明专利]一种与达100kg体重日龄相关的SNP标记及其应用方法

说明书

本发明公开了一种与达100kg体重日龄相关的SNP位点，该SNP位点位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193处，具有C/T多态性，该位点处基因型为TT的猪，相较于基因型为TC和CC的猪，具有较低的达100kg体重日龄。本发明提供的与达100kg体重日龄相关的SNP位点，对解释猪生长速率和肌肉发育等性状的分子机制有着至关重要的作用。在猪生长性状的早期选育过程中，可以通过鉴定该SNP位点的不同等位基因来筛选达100kg体重日龄低的猪种。本发明提供的鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄的方法，操作简单快捷，鉴定准确，可以用于猪生长性状的早期选育，缩短了育种周期，提高了育种效率。

技术领域

本发明属于分子遗传学中的遗传标记检测技术领域，具体涉及一种与猪达100kg体重日龄相关的SNP标记及其应用方法。

背景技术

猪肉是现代人类主要的肉食产品之一，我国猪肉消费量约占全球消费的一半以上。猪生长性能高低的评价主要包括背膘厚度、眼肌面积和达100kg体重日龄等生长性状指标，其中，达100kg体重日龄是反映肌肉生长的重要指标。

达100kg体重日龄是指猪体重达到100kg时的日龄，可以反映猪个体的生长速度。对于猪达100kg体重日龄，目前除了在性染色体上没有找到相关位点外，其余的常染色体上都发现了与其相关的QTL区域。但是大部分报道的QTL置信区间比较大，很难通过QTL图谱鉴定到影响达100kg体重日龄的候选基因。

全基因组关联分析是鉴定表型和基因型之间遗传联系的主要手段，可以发现影响不同生产性状的SNPs(单核苷酸多态性)。但是，目前缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪达100kg体重日龄相关的SNP标记。

因此，发掘与猪达100kg体重日龄相关的SNP标记及其应用方法，对猪生产和育种具有重要意义。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，采用全基因关联分析的方法，挖掘得到与猪达100kg体重日龄相关的SNP位点，该SNP位点位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193处，具有C/T多态性，该位点处基因型为TT的猪，相较于基因型为TC和CC的猪，具有较低的达100kg体重日龄，该SNP标记对解释猪生长速率和肌肉发育等性状的分子机制有着至关重要的作用。在猪生长性状的早期选育过程中，可以通过鉴定该SNP位点的不同等位基因来筛选达100kg体重日龄低的猪种，缩短了育种周期，加速了改良进程，对猪生产和育种具有重要意义，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：

本发明提供了一种与猪达100kg体重日龄显著相关的SNP标记，其中，所述标记位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193处。

其中，所述位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193处的SNP标记具有C/T多态性。

其中，所述位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193处的SNP位点的基因型为TT的猪，相较于基因型为TC和CC的猪，具有较低的达100kg体重日龄。

本发明还提供了一种鉴定或者辅助鉴定猪达100kg体重日龄的方法，其中，所述方法包括检测猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193处的核苷酸类型，并确定待测猪基因型的步骤。

其中，所述确定待测猪的基因型的方法可以采用直接测序或先扩增含所述SNP标记的核苷酸片段再检测的方式进行。

本发明还提供了一种第一方面所述的SNP标记在筛选达100kg体重日龄低的猪群体方面的应用。

其中，所述应用包括以下步骤：

步骤I，提取待测猪的基因组DNA；