[发明专利]一种三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C1480及其应用

说明书

本发明提供了一种三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C1480及其应用。所述分子标记C1480的的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，而用于检测该分子标记C1480的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。所述的分子标记C1480为SNP标记，其耐碱基因型为GG基因型。本发明提供的分子标记C1480可以不受三疣梭子蟹生长阶段的限制，明显加快三疣梭子蟹的选育进程以及快速选育出具备耐受盐碱的优良性状的蟹种，并且使用该分子标记C1480检测三疣梭子蟹耐盐碱的性状准确可靠且操作简单，有利于梭子蟹的健康养殖与发展，因此具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于水产动物DNA分子标记的技术领域，具体涉及一种三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C1480及其应用。

背景技术

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)属甲壳纲、十足目、梭子蟹科，俗称梭子蟹，是我国重要的大型海洋经济蟹类。梭子蟹肉质鲜美、营养丰富，深受消费者喜爱。盐碱水域是一种世界性的低产水资源，仅中国就有4587万hm2盐碱水域，由于具有高盐度、高碱度、高pH以及复杂离子组成等特点，一般常规的水产动物无法在其中正常生存繁殖，很大程度上阻碍了该类水资源的开发利用。三疣梭子蟹在高盐碱刺激下会对其生理生化造成一定的影响，而且高盐碱会使幼蟹的摄食率、变态率和存活率下降。因此，耐盐碱性状是三疣梭子蟹重要的育种性状之一，对于提高梭子蟹的养成率及促进其在盐碱地的养殖推广具重要意义。然而，耐盐碱性状具明显的低遗传力特征，通过传统的育种方法遗传进展缓慢，迫切需要借助先进的分子标记辅助育种技术以加快选育进程，而耐盐碱分子标记的鉴定及创新应用是开展分子标记辅助育种的必要前提和途径。

目前有关三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记开发的研究较少，并且产业中缺乏可应用于分子标记辅助育种的标记。因此，开发耐盐碱性状相关分子标记对梭子蟹的健康养殖及选育具有重要的意义。

发明内容

本发明提供了一种三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C1480及其应用，本发明利用测序数据的多态性位点过滤及比对分析、PCR测序的方法，得到SNP和InDel标记，再经过对标记的逐步筛选和验证，最终获得一个新的三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C1480，该分子标记有利于三疣梭子蟹耐受盐碱性状的选育。

为实现上述发明目的，本发明采用以下技术方案予以实现：

本发明提供了一种三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C1480，所述分子标记C1480的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。

进一步的，所述分子标记C1480为SNP标记。

进一步的，所述分子标记C1480的盐碱耐受基因型为GG基因型。

本发明还提供了用于检测权利要求1所述的分子标记C1480的引物对，所述引物中的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

本发明还提供了所述的分子标记C1480在筛选三疣梭子蟹耐受盐碱性状品种中的应用。

进一步的：所述应用步骤为：提取三疣梭子蟹待测试样品的DNA并将其作为模板，使用分子标记C1480的扩增引物进行PCR扩增，并将PCR产物进行测序，如果测序结果中分子标记C1480的基因型为GG，则待测试样品选择作为培育三疣梭子蟹耐盐碱品种的亲本。

进一步的：所述PCR扩增体系为：模板1μl，正向引物(10μM)0.2μl，反向引物(10μM)0.2μl，Buffer缓冲液1μl，dNTPs 0.8μl，HiFi 0.2μl，ddH₂O 6.6μl。

进一步的：所述PCR扩增的程序为：预变性94℃2-5min；变性94℃30s，退火55℃30s，延伸72℃1-2kb/min，共重复35个循环；最后延伸72℃5-10min。