[发明专利]SARS-CoV-2病毒spike基因全长扩增测序方法及其引物

说明书

本发明公开了一种SARS‑CoV‑2病毒spike基因全长扩增测序方法及其引物，该方法针对SARS‑CoV‑2病毒spike基因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框)5对共10条寡核苷酸引物序列，如SEQ ID No.1～SEQ ID No.10所示，简化了基因扩增后的测序反应步骤。同时公开了待检样本的处理、RT‑PCR反应体系及反应条件、测序反应体系和反应条件。本发明可以实现对目前流行的SARS‑CoV‑2病毒spike基因全长进行扩增测序，从而获得SARS‑CoV‑2病毒spike基因序列信息，操作简单、应用方便，为我国流行的SARS‑CoV‑2病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种RT-PCR扩增技术，尤其涉及一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2病毒)RT-PCR全 长扩增测序的方法及其引物。

背景技术

冠状病毒在系统分类上属冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus)。冠状病毒属的病毒是具外套膜 (envelope)的正链单股RNA病毒，直径约80～120nm，长27-31kd，是RNA病毒中最长的RNA核酸链，具有正链RNA 特有的重要结构特征：即RNA链5’端有甲基化“帽子”，3’端有Poly A“尾巴”结构。根据血清型和基因组特点冠状病毒亚科 被分为a、β、γ和δ四个属。已知感染人的冠状病毒有6种，包括a属的229E和NL63，β属的OC43和HKU1、中东呼吸 综合征相关冠状病毒(Middle East Respiratory Syndrome,MERS-CoV)和严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(Severe acute respiratory syndromecoronavirus,SARS-CoV)。冠状病毒最先是1937年从鸡身上分离出来，病毒颗粒的直径60～200nm，平 均直径为100nm，呈球形或椭圆形，具有多形性。病毒有包膜，包膜上存在棘突，整个病毒像日冕，不同的冠状病毒的棘 突有明显的差异。

2020年1月7日，专家组从1例阳性病人样本中分离出一种新型的冠状病毒样株。在排除了流感、禽流感、腺病毒、 严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)等其他呼吸道病原体后，专家组认为， 本次不明原因肺炎病例的病原体是这种新型冠状病毒。国际病毒分类学委员会(ICTV)在生物学论文预印平台BioRxiv上发表声明，其委员会的冠状病毒小组(CSG)根据系统名、分类学和惯例，正式将该病毒命名为SARS-CoV-2，全称为：严 重急性呼吸综合征冠状病毒2(Severe Acute RespiratorySyndrome Coronavirus 2)，并认定这种病毒是SARS冠状病毒的姊妹 病毒。目前，进一步开展新型冠状病毒(2019-nCoV)的分子流行病学调查仍是现阶段重点工作之一，这对于阐明新型冠状 病毒跨种属传播的分子机制，追溯新型冠状病毒的自然宿主具有重要意义。因此对于SARS-CoV-2病毒感染病例的治疗和 疫情的有效控制，亟需建立一套快速、敏感、准确的序列分析方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种SARS-CoV-2病毒spike基因全长扩增测序方法及其引物。

为实现上述目的及其他相关目的，本发明提供的技术方案是：一种SARS-CoV-2病毒spike基因全长扩增的引物，所述 SARS-CoV-2病毒spike基因全长扩增的引物引物为10对，具体包括：

SARS-CoV-2-S1-F21320：5’-CGCGAACAAATAGATGGTTA-3’；

SARS-CoV-2-S1-R22368：5’-CTGCAGCACCAGCTGTCCAA-3’；

SARS-CoV-2-S2-F22146：5’-AGGGAATTTGTGTTTAAGA-3’；

SARS-CoV-2-S2-R23231：5’-AACACCTGTGCCTGTTAAA-3’；