[发明专利]与斑点叉尾鮰性别连锁的SNP分子标记及遗传性别鉴定方法

说明书

本发明属于鱼类遗传育种技术领域，涉及SNP分子标记技术领域。本发明公开了一种与斑点叉尾鮰性别连锁的SNP分子标记及遗传性别鉴定方法，包括斑点叉尾鮰性别连锁的SNP标记的筛选、验证、雄性特异DNA序列的克隆、序列分析、特异引物设计以及遗传性别鉴定的PCR方法；根据获得的斑点叉尾鮰性别连锁的SNP标记引物及雄性特异DNA序列，创建了斑点叉尾鮰遗传性别的PCR鉴定方法。本发明首次筛选到斑点叉尾鮰性别连锁的SNP标记及雄性特异序列，建立了基于PCR和Sanger测序技术的斑点叉尾鮰遗传性别鉴定方法。本发明具有高效、准确和稳定的特点，在斑点叉尾鮰单性苗种培育等方面具有重要应用价值，同时在定位性别决定基因及性别决定机制研究中也具有重要应用前景。

技术领域

本发明属于鱼类遗传育种的分子标记技术领域，具体涉及一种用于斑点叉尾鮰性别鉴定的SNP分子标记及其鉴定方法。

背景技术

斑点叉尾鮰(Ictalures punctatus)亦称美洲鲶、沟鲶，属于鲶形目，鮰科，原产于美国，具有适温范围广、肉质上乘且少刺、生长速度快、抗病能力强、食性杂、饲料转化率高，容易形成育苗、养殖、饲料、加工产业化生产等特点。我国自20世纪80年代引种以来，已推广到湖北、湖南、四川、江苏等20多个省市，养殖规模和产量逐年增加，目前年产量维持在25万吨左右。斑点叉尾鮰为二倍体生物，其染色体由28对常染色体和1对性染色体(分别为XX和XY染色体)组成，属于XY/XX性别决定系统，雄性异配，雌性同配。斑点叉尾鮰雄性与雌性生长呈现明显的二态性，即雄性个体生长速度与成熟体质量均高于雌性个体。因此，积极挖掘斑点叉尾鮰性别连锁的分子标记，对斑点叉尾鮰性别决定关键基因及其控制机制研究，单性苗种培育等具有重要的理论意义与应用价值。

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。具有稳定性强、特异性高，并呈现共显性遗传的特点，且能获得的标记数量多，易于实现高通量筛选和分型。以SNP标记为基础的遗传性别鉴定技术是目前水产动物性别鉴定应用最广泛、最可靠的手段之一。在多种鱼类性逆转研究过程中，利用性连锁SNP标记可以准确地鉴定其遗传性别。因此，开发出一套基于SNP分子标记的快速、准确鉴定斑点叉尾鮰遗传性别的方法，对斑点叉尾鮰全雄育种工作的开展、性别决定基因和机制的研究具有重要的意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于鉴定斑点叉尾鮰遗传性别的SNP分子标记及其鉴定方法。本发明所提供的方法能够快速、准确地鉴定出斑点叉尾鮰遗传性别。主要是通过对斑点叉尾鮰性别连锁SNP标记位点进行PCR扩增，扩增产物测序和测序峰图鉴定来实现。

本发明的目的可以通过以下技术方案实现：

一种与斑点叉尾鮰性别连锁的SNP分子标记，如下所示核苷酸序列的第43、192、197处依次分别存在g.43AC、g.192GA、g.197TA3个多态性的SNP分子标记。遗传性别为雄性的个体在三个位置基因型为AC、GA、TA；遗传性别为雌性的个体在三个位置基因型为AA、GG、TT。

GTCCCCCTGACTCCACATCTATGCTGCAGTCTTCATGCTCAAR(A/C)TTCAGCCTTGTGTTCTGCACCCGACTTGTTGCCTCCACCTGAGATTTTGCCCCCACAGGATGATGATCCGCCTTCCTTAAGTCCTGAAGATGTACCAACATCTACAACTCACCGATGCCAGCAATGTCCTGAGGCCTTCAGTAGTTCAM(G/A)CACTN(T/A)CTTGCTGTCCATATGCAAAGCCACAAGAGAAGATTTGTCAGTCATCTGTTTTGCAAGTACTGCAATAAAAAGTTCATGCACCTGAAACGATTGCGC。

一种用于检测上述SNP分子标记的特异性引物，该特异性引物为SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.32。

一种用于检测上述SNP分子标记的试剂盒，该试剂盒包含上述的特异性引物。