[发明专利]中国和牛与金钱腱重量相关的SNP位点及应用

说明书

本发明提供了牛21号染色体上与中国和牛金钱腱重量相关的SNP位点，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本21号染色体上第63471788个核苷酸位点，该位点的碱基是T或C。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高中国和牛的金钱腱重量，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及中国和牛染色体基因位点与相关性状分析，具体涉及中国和牛染色体上与金钱腱重量相关的SNP位点及其应用。

背景技术

肉牛业是我国畜牧业的重要组成部分，现阶段国内活牛及牛肉价格节节攀升，肉牛存栏量持续下降，牛源极度紧张。从市场供应来看，我国牛肉需求仍存在巨大缺口。从牛肉消费情况来看，我国牛肉仍呈刚性需求。随着人民生活水平的提高，我国牛肉需求已经进入质与量并举的时代，人们对高档牛肉的消费需求日益增长，由于高档肉牛的繁育、饲养及高档牛肉生产的技术要求较高，国产高档牛肉市场占有率还很低。金钱腱，牛的前腱肉，是肉牛胴体的重要组成部分，具有很高的经济价值，为加速该性状的分子育种进程，可采用全基因组关联分析鉴定影响中国和牛的金钱腱重量的显著位点。有研究表明，金钱腱重量属于高等遗传力性状，约0.42，因此，利用遗传手段对资源群体中国和牛金钱腱重量进行改良是可行的。金钱腱重量是受多个基因控制的数量性状，牛基因组上存在大量影响金钱腱重量的数量性状基因座（quantitative trait loci, QTLs）。目前，利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)的方法已在牛基因组上鉴别到超过诸多与金钱腱重量相关的QTLs和大量单核苷酸多态位点（single nucleotide polymorphisms,SNPs），将其中具有显著效应的SNP加入到分子标记辅助选择（marker assistedselection, MAS）、基因组选择（Genomic selection，GS）中则能加快金钱腱重量的遗传改良进展，进而提高后代肉牛金钱腱重量，增加养殖企业的经济效益。

发明内容

本发明通过GWAS分析策略鉴别到了影响中国和牛金钱腱重量的显著SNP，将其用于分子标记辅助选择和基因组选择中，选择对提高金钱腱重量有利的基因型进行留种，从而逐代提高优势等位基因的基因频率，则能加快种牛育种改良的进程，为肉牛养殖带来巨大经济效益。

本发明是这样实现的：

首要目的在于确定一种影响中国和牛金钱腱重量的SNP分子标记。所述分子标记位于中国和牛的21号染色体上，所述分子标记的SNP位点为SEQ IDNO:1序列标注位置为161位的T161-C161的核苷酸突变；所述的分子标记的SNP位点对应于国际牛基因组UMD3.1版本参考序列21号染色体上第63471788位TC突变。所述SNP标记如SEQ ID NO:1所示的序列自5’端起第97位碱基是C或A；

本发明的另一目的在于提供上述的分子标记在筛选高金钱腱重量的牛个体的方法，具体为，检测牛21号染色体上的分子标记，所述分子标记的5’端第161位单核苷酸是T还是C，淘汰T保留C，选择第63471788个核苷酸位点的CA、CC型个体作为种牛；

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响牛金钱腱重量的分子标记的引物对，所述引物对的核酸序列如下所示：

P001正向：5’- TGGCTCTTCCCTATACTCCAAG-3’；

P002反向：5’- TCCATATGCCTTAGAGCAAC-3’。

上述的引物对在鉴定影响牛金钱腱重量中的应用。

上述的引物对在牛基因组选择中的应用。

上述的引物对在提高牛金钱腱重量中的应用。