[发明专利]一种与罗氏沼虾生长相关的SNP标记及其分型方法与应用

权利要求书

1.一种与罗氏沼虾生长相关的SNP标记，其特征在于：所述与罗氏沼虾生长相关的SNP标记位于罗氏沼虾组织蛋白酶L基因DNA序列的322个碱基处，此碱基存在T和G两个形式；

所述罗氏沼虾组织蛋白酶L基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。

2.如权利要求1所述的一种与罗氏沼虾生长相关的SNP标记的分型方法，其特征在于：

具体包括步骤如下：

1)、提取罗氏沼虾的基因组DNA，使用灭菌水或TE缓冲液稀释到10-20ng/μL；

2)、提取步骤1)中所述罗氏沼虾的基因组DNA为模板，利用正向引物F和反向引物R配制反应体系：基因组DNA1μL，通用PCRmix5μL，正向引物F和反向引物R各0.2μL，灭菌双蒸水3.6μL；其中，所述该反应体系可同比放大；

3)、PCR扩增的反应程序为：

4)、当步骤3)所述的PCR反应结束后，加入饱和荧光染料及内标各1μL，经过95℃退火5-10min；

5)、待步骤4)所述的退火5-10min后降温至0-40℃，进行高分辨率熔解曲线分析，鉴定待测样本中所述罗氏沼虾SNP标记的基因型。

3.根据权利要求2所述的一种与罗氏沼虾生长相关的SNP标记的分型方法，其特征在于：

所述步骤2)中，用于鉴定所述与罗氏沼虾生长性状相关的SNP标记的正向引物为F：5’-AAGCTTTAATTCCTTTGTCCCAG-3’；

反向引物为R：5’-CACCAAGTGTAAGACTGATGCC-3’。

4.根据权利要求2所述的与一种罗氏沼虾生长相关的SNP标记的分型方法，其特征在于：

当所述基因组DNA浓度≤5ng/μL时，加入4.6μL基因组DNA。

5.根据权利要求2所述的一种与罗氏沼虾生长相关的SNP标记的分型方法，其特征在于：

所述步骤3)中，内标为等量混合的高温内标和低温内标，即两条具有不同GC含量的双链寡核苷酸，高、低温内标终浓度分别为2.5uM。

6.根据权利要求5所述的一种与罗氏沼虾生长相关的SNP标记的分型方法，其特征在于：

所述步骤3)中，SNP基因型鉴定时所需的高、低内标序列，其中，高温内标序列为：

低温内标序列为：

7.根据权利要求6所述的与一种罗氏沼虾生长相关的SNP标记的分型方法，其特征在于：获得内标的具体方法为：

1)、合成四条寡核苷酸单链：

GWNB+：5’-GCGGTCAGTCGGCCTAGCGGTAGCCAGCTGCGGCACTGCGTGACGCTCAG-3’

GWNB-：5’-CGCCAGTCAGCCGGATCGCCATCGGTCGACGCCGTGACGCACTGCGAGTC-3’

DWNB+：5’-ATCGTGATTTCTATAGTTATCTAAGTAGTTGGCATTAATAATTTCATTTT-3’

DWNB-：5’-TAGCACTAAAGATATCAATAGATTCATCAACCGTAATTATTAAAGTAAAA-3’；

2)、用灭菌双蒸水溶解四条单链核苷酸使终浓度为10uM；

3)、等体积混合四条单链核苷酸，得到高、低温内标终浓度分别为2.5uM的内标。

8.一种如上述任一项权利要求中所述的与罗氏沼虾生长相关的SNP标记的应用，其特征在于：在苗种繁育前，通过非致死性取样提取亲虾基因组DNA，利用如上述任一项权利要求中所述的SNP标记及其分型方法判断亲虾基因型，通过选择TT基因型或者弃选GG基因型的亲虾有效提高后代群体的生长性能。