[发明专利]快长优质草鱼SNPs及其应用

说明书

本发明公开了快长优质草鱼SNPs及其应用，本发明通过检测草鱼的三个SNP标记，SNP1位于草鱼基因SEQ ID NO.1第175位碱基、SNP2位于草鱼基因SEQ ID NO.1第4139位碱基、SNP3位于草鱼基因SEQ ID NO.1第4516位碱基。通过SNP位点的筛选，能够在相同养殖条件下快速获得体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼个体。本发明保证了检测结果的可靠性，无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性。本发明能够有效用于草鱼的分子标记辅助育种，加快草鱼育种进程。

技术领域

本发明属于DNA标记技术领域，特别涉及快长优质草鱼SNPs及其应用。

背景技术

草鱼(Ctenopharyngodon idella)属雅罗鱼亚科(Leuciscinae)、草鱼属(Ctenopharyn godon)，具有生长速度快，肉质鲜美，营养价值高等优点，目前是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖对象。草鱼养殖业在近些年快速而且健康地发展，不仅为我国乃至发展中国家人民提供了大量优质动物蛋白，同时带动了相关产业如饲料加工、运输和销售行业的发展壮大。至今，草鱼多为野生种直接驯化而成，缺少定向选育，以至于有亲本质量差，后代生长速度慢、规格不齐、抗病力差等问题，对社会造成重大的经济损失，因此，选育高产优质的草鱼良种一直是草鱼育种工作的中心目标。肥满度是评价鱼类肥瘦程度和体型差别的一个指标。肥满度较低的鱼，外形比较修长，属于市场接受度较高的鱼。所以草鱼选育目标是选择生长速度快且体型修长的新品种。

在开展常规选育研究的同时，开发和应用分子标记辅助育种技术可加快草鱼良种选育进程。SNP是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸变异而产生的多态性。研究发现在功能基因启动子区域的SNP可能会影响基因转录效率，进而影响基因翻译效率，造成蛋白质表达量的差异。内含子(等非编码序列)虽然不编码蛋白，但在mRNA剪切、基因的转录和表达上有着重要的调控作用。此外，在SNP标记研究和应用中发现，基因组上相邻SNP的等位基因位点倾向以整体形式遗传给后代，这种一组相关联的SNPs等位基因位点被称作单倍型(haplotype)。数量性状一般由多种微效基因及多个位点共同调控，为提高基因或等位基因与性状的真实相关性，需要结合多个位点的综合效应进行单倍型或双倍型。

发明内容

本发明的首要目的在于提供生长速度快且体型修长的优质草鱼SNPs及其应用，SNPs可作为草鱼生长性状的可靠标记，便于进行早期选择，提高选育效率。

本发明的次要目的在于提供一种筛选生长速度快且体型修长的优质草鱼的方法。

本发明所采取的技术方案是：

本发明提供了一种草鱼生长相关的基因序列如SEQ ID NO.1所示。

本发明提供了前面所述草鱼生长相关的基因序列，SEQ ID NO.1的第175位S为碱基C或G，SEQ ID NO.1的第4139位S为碱基G或C，SEQ ID NO.1的第4516位R为碱基G或A。

本发明提供了前面所述的基因序列SEQ ID NO.1在判断草鱼生长快慢的应用。

本发明提供了草鱼生长快慢相关的SNP位点，其为SEQ ID NO.1第175位碱基、SEQIDNO.1第4139位碱基、SEQ ID NO.1第4516位碱基。

本发明提供了前面所述SNP位点在判断或鉴别草鱼生长快慢中的应用。

本发明提供了前面所述SNP位点在选育生长优异草鱼品种的应用。

本发明提供了一种筛选草鱼生长快慢的方法，包括以下步骤：

检测草鱼基因序列SEQ ID NO.1的第175位碱基处的SNP位点是否为基因型CG，若是，则为体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼；