[发明专利]棉花纤维品质相关的GhCYSb基因SNP标记及其应用

说明书

本发明涉及棉花纤维品质育种技术领域，具体而言，涉及棉花纤维品质相关的GhCYSb基因SNP标记及其应用。棉花纤维品质相关的GhCYSb基因SNP标记，所述SNP标记为碱基A或G，所述SNP标记位于棉花Dt06染色体上GhCYSb基因的第310bp位置处，所述GhCYSb基因的序列如SEQ ID NO:1所示。本发明利用10660个高质量的SNP位点，对276份棉花品种的品质性状关联分析，挖掘出GhCYSb基因上一个SNP位点与纤维长度(FL)和纤维比强度(FS)显著相关。

技术领域

本发明涉及棉花纤维品质育种技术领域，具体而言，涉及棉花纤维品质相关的GhCYSb基因SNP标记及其应用。

背景技术

棉花是重要的纤维作物，是纺织工业中重要的天然纤维来源。随着育种目标的改变，在保证棉花产量的同时，培育纤维品质优良的棉花已成为育种家新的目标。棉花纤维品质性状主要包括纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)、马克隆值(FM)和纤维整齐度(FU)。在这些性状中，纤维长度(FL)和纤维比强度(FS)对棉花纤维品质影响相对较大。棉花品种具有优异的纤维长度(FL)和纤维比强度(FS)，对于满足人们和棉纺织工业所追求的高档棉纺织用品、实现棉花的机械化采摘具有十分重要的意义。

优质纤维是棉花育种的重要目标，但由于棉花纤维品质一般由多基因控制，容易受到环境因素的影响，控制纤维品质的遗传基础复杂，因此科研工作者应用多种方法筛选与纤维长度和纤维比强度相关的基因。随着测序技术的发展和成本的降低，高质量的棉花全基因组数据已经被人们广泛利用，这为通过全基因组关联分析的方法解析棉花纤维品质性状提供了机会。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明利用10660个高质量的SNP位点，对276份棉花品种的品质性状关联分析，挖掘出GhCYSb基因上一个SNP位点与纤维长度(FL)和纤维比强度(FS)显著相关。

为了实现本发明的上述目的，本发明提供了以下技术方案：

棉花纤维品质相关的GhCYSb基因SNP标记，所述SNP标记为碱基A或G，所述SNP标记位于棉花Dt06染色体上GhCYSb基因的第310bp位置处，所述GhCYSb基因的序列如SEQ IDNO:1所示。

纤维长度和纤维比强度是改善纤维品质的两个主要目标性状。本发明运用10660个SNP标记对纤维长度和纤维比强度性状进行全基因组关联分析，得到GhCYSb基因上一个SNP位点与这两个纤维品质性状显著关联。该SNP位点是非同义突变，由AA基因型突变成GG基因型，造成氨基酸由精氨酸变成甘氨酸。

与AA基因型材料相比，含有GG基因型的材料具有较高的纤维长度和纤维比强度，因此，借助GG基因型的标记位点可以选择纤维长度和纤维比强度优良的材料，能有效提高选择效率和准确性。

进一步地，所述SNP标记的GG基因型棉花的纤维长度和纤维比强度高于AA基因型棉花。

因此，通过检测SNP标记的GG基因型可以判断纤维长度和纤维比强度性状的优良度。

本发明还提供了针对上述的SNP标记设计的引物对或探针或芯片。

本发明提供的检测纤维品质相关的GhCYSb基因SNP标记的引物对或探针或芯片，能有效的将AA基因型与CC基因型分开，通过确定待检测物的基因型，以有效预测棉花的纤维长度和纤维比强度性状的表现。

本发明提供的检测SNP标记的引物对、探针或芯片，依据GhCYSb基因SNP标记的序列按常规方法进行设计。

用于检测上述的SNP标记的引物对，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQID NO.3所示。