[发明专利]一种求解最小集合覆盖问题的微流控芯片及其DNA计算方法有效

专利信息
申请号: 202010250164.5 申请日: 2020-04-01
公开(公告)号: CN111420718B 公开(公告)日: 2022-01-14
发明(设计)人: 王静;董苏 申请(专利权)人: 安徽大学;阜阳师范大学
主分类号: B01L3/00 分类号: B01L3/00
代理公司: 安徽顺超知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 34120 代理人: 程艳梅;张芳
地址: 230601 安徽省*** 国省代码: 安徽;34
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摘要:
搜索关键词: 一种 求解 最小 集合 覆盖 问题 微流控 芯片 及其 dna 计算方法
【权利要求书】:

1.一种求解最小集合覆盖问题的微流控芯片的DNA计算方法,其特征在于,包括如下步骤:

S1:建立求解最小集合问题与微流控芯片上的DNAzyme裂解反应过程的映射关系:用DNAzyme序列表示集合Ci(i=1,2,....q)中的元素,用能被该DNAzyme裂解的mRNA序列表示集合S={1,2,...,p}中的元素,在反应池组中分别加入表示集合S中各元素的mRNA序列溶液以及反应所需的Na+;底物液池中按照C1~Cq在不同组合中的取值,加入其所包含元素对应的DNAzyme序列溶液,将问题的求解过程转化为芯片上DNA酶裂解mRNA的反应;

S2:通过离心力驱动各底物液池的DNAzyme序列溶液分别进入相应的反应池,当进入反应池的DNAzyme序列找到与其碱基互补的mRNA序列,就能够快速的特异性识别和切割RNA序列的特定位点(rA),荧光基团和淬灭基团将因mRNA的裂解游离在溶液中释放出荧光;

S3:记录结果:将反应池组中发出荧光的记录为1,不发出荧光的记录为0,统计每个重复单元的记录情况,全为1即为问题的可行解,统计可行解中对应的C1~Cq中取值为1的个数,个数最少的即为最小集合覆盖问题的解;

该方法可通过扩展多块芯片来解决集合C中含有q(q>0)个元素,集合S中含有n个(0<n≤5)元素的最小集合覆盖问题,所需扩展芯片的个数为2q-3

所述步骤S2中需采用离心机进行微液流驱动;

所述步骤S3中需要用激光共聚焦显微镜观察芯片;

该方法使用一种求解最小集合覆盖问题的微流控芯片,其特征在于:包括加样孔(1)、加样通道(2)、底物液池(3)、反应池组(4)、废液池(5)、出液通道(6)、毛细通道(7)、第一微流体通道(8)以及第二微流体通道(9),所述加样通道(2)连通加样孔(1)和底物液池(3),所述第一微流体通道(8)连通底物液池(3)和反应池组(4),所述毛细通道(7)连通反应池组(4)和废液池(5),所述第二微流体通道(9)连通废液池(5)和出液通道(6);

所述反应池组(4)包含五个反应池,依次编号a~e。

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