[发明专利]一种检测克罗恩病的环状RNA标志物及应用

说明书

本发明在芯片筛查到的CD患者155个上调的circRNA分子中，hsa_circRNA_009084在诊断敏感度和特异性评价时表现优异。本发明用于CD诊断的hsa_circRNA_009084未见国内外有相关文献报道和专利申请。本发明技术中血液中hsa_circRNA_009084分子检测仅需RT‑PCR方法，简单易操作，临床应用推广可行性大；hsa_circRNA_009084可应用于CD诊断和疗效的快速判断。本发明提供了一种检测克罗恩病的环状RNA标志物，环状标志物为hsa_circRNA_009084。本发明提供了一种检测克罗恩病的环状RNA标志物的应用，环状标志物为hsa_circRNA_009084作为克罗恩病检测方法中的标志物。

技术领域

本发明属于分子生物医学领域，特别涉及克罗恩病。

背景技术

近年来,炎症性肠病(Inflammatory bowel disease，IBD)，包括克罗恩病(Crohn's disease，CD)和溃疡性结肠炎(ulcerative colitis， UC)在发展中国家的发病率日益上升。

环状RNA(Circular RNAs，circRNAs)由信使RNA前体(pre-mRNAs)反向剪接而来，可能包含内含子序列、外显子序列，或同时包含内含子和外显子序列。circRNA多数是可行使调控功能的非编码RNA(non-coding RNAs，ncRNAs)，可通过吸附microRNA 或结合到其它分子上，在转录水平或转录后水平调控基因表达。 circRNA因闭合环状结构不受外切酶影响，半衰期长，可稳定存在于细胞，具有一定组织特异性、时序特异性及疾病特异性，是理想的潜在的疾病分子生物标记物。越来越多的研究表明circRNA分子在多种疾病，如结直肠癌(colorectal cancer，CRC)、乳腺癌(breast cancer)、类风关(rheumatoid arthritis，RA)和先兆子痫(pre-eclampsia)的发生发展中起作用，可作为疾病诊疗的分子生物学标记物。

CD可累及全消化道，表现为非连续性病变。UC主要累及直肠和结肠，呈连续性弥漫性分布。为鉴别诊断CD和UC，需综合考虑临床症状、内镜检查、影像技术及组织活检结果等，目前没有特异性强的血清生物学标志。目前对IBD诊断主要依赖于临床症状、内镜、病理、影像技术和生化特征等，且常用的生化指标如粪便钙卫蛋白、血沉、白细胞、血清抗微生物抗体等特异性差、灵敏度不高。对CD 和UC的鉴别诊断依赖于内镜检查。若能减少传统的侵入性检查，将特异性circRNA用于评估疾病的严重程度和复发情况，将具有重要临床意义。

circRNA是否可作为IBD临床诊疗的分子生物学标志物？目前国内外相关研究报道非常少，东南大学附属中大医院陈洪教授等[1] 的研究表明:在环状RNA芯片检测的基础上，通过实时定量PCR 检测发现活动期CD患者病变组织中hsa circ 0023397明显低于健康对照组,miR-106b明显高于健康对照组，活动期CD患者肠黏膜组织中可能存在着由于hsacirc 0023397下调引起miR-106b过度表达,继而导致ATG16L1表达下调并降低CD患者自噬功能。上海交大附属仁济医院的冉志华教授等对环状RNA组织芯片的研究也发现：CD患者组织样本中163个上调的circRNA靶向435miRNAs，及55个下调的circRNA靶向207个miRNA。生信分析预测 hsa circRNA 102685可能参与凋亡、Toll样受体及p53信号通路 [2]。

发明人前期已收集CD患者和健康对照人群的外周血，分离外周血单个核细胞，通过Arraystar的Human circRNA Arrays筛查到CD 患者外周血单个核细胞中155个上调和229个下调的circRNA分子，实时荧光定量PCR法大样本量验证了4个上调的circRNA分子在CD病患者临床诊断中的应用价值，用miRDB_V5.0和TaregetScan7.1 分析预测circRNA最可能结合的5个microRNA分子的种子序列。前期结果发表在Medicine[3]。