[发明专利]用于识别原因性基因组变体的方法和系统

说明书

本发明涉及用于识别原因性基因组变体的方法和系统。具体地，在本文中提供用于过滤包含基因组信息的数据集中的变体的方法和系统。

本申请是国际申请日2012年11月6日、国际申请号 PCT/US2012/063753于2014年6月23日进入中国国家阶段、申请号 201280064104.8、发明名称“用于识别原因性基因组变体的方法和系统” 的申请的分案申请。

相关申请的交叉引用

本申请要求2011年11月7日提交的，名为“用于识别原因性 (causal)基因组变体的方法和系统”的美国临时专利申请号61/556,599 以及2011年11月7日提交的，名为“用于识别原因性基因组变体的 方法和系统”的美国临时专利申请号61/556,758的权益和优先权，通 过参考将所述申请的全部内容引入用于所有目的。

背景技术

全基因组测序能提供有关人类基因组中的60亿碱基对的信息，然 而，这种海量信息的分析已经证明是有挑战性的。例如，在基因组之 间存在大量变异，但仅一些变体真正影响表型。在影响表型的变体中， 仅这些中的子集与特定表型，例如疾病有关。目前，从实验对象获得 全基因组序列信息的临床医师或研究人员面临通过筛选大量变体信息 来尝试和识别与特定表型有重大关系的变体的子集这样的挑战。在此 描述了用于将研究人员或临床医师的注意力集中在潜在相关的基因组 变体上的系统和方法。

发明内容

在本文中提供了用于在包含基因组信息的数据集中过滤变体的方 法和系统。

在一些实施方式中，一种生物演化过滤器(biological context filter)，其中，该生物演化过滤器被配置成接收包含变体的数据集， 与生物信息数据库通信，以及通过与生物信息有关的变体，过滤数据 集来变换数据集，其中，过滤包括在数据集和一些或全部生物信息之 间建立关联。在一些实施方式中，生物信息数据库是精选汇总(curated) 的生物医学内容的知识库，其中，使用知识本体(ontology)来构建所 述知识库。在一些实施方式中，变体和生物信息之间的关联包含由一 个或多个中继段(hop)定义的关系。在一些实施方式中，用户选择用 于过滤的生物信息。在一些实施方式中，过滤揭示与生物信息有关的 变体。在一些实施方式中，过滤屏蔽与生物信息无关的变体。在一些 实施方式中，过滤屏蔽与生物信息有关的变体。在一些实施方式中， 过滤揭示与生物信息无关的变体。在一些实施方式中，由数据集推断 用于过滤的生物信息。在一些实施方式中，由用户先前输入的研究设 计信息，推断用于过滤的生物信息。

在一些实施方式中，一种生物演化过滤器，其被配置成接收包含 变体的数据集，其中，所述数据集包含来自一个或多个个体的一个或 多个样本的变体数据；与生物信息数据库通信；以及能通过与生物信 息有关的变体，过滤数据集来变换数据集，其中，过滤包括在数据集 和一些或全部生物信息之间建立关联。

在一些实施方式中，生物演化过滤器与过滤器级联中的其他过滤 器组合来生成最终变体列表。在一些实施方式中，生物演化过滤器与 过滤器级联中的下述过滤器的一个或多个组合来达到少于200变体的 最终变体列表：常见变体过滤器、预测有害过滤器、癌症驱动变体过 滤器、物理位置过滤器、遗传分析过滤器、表达过滤器、用户定义变 体过滤器、药物遗传学过滤器或定制注释过滤器。在一些实施方式中， 生物演化过滤器与过滤器级联中的下述过滤器的一个或多个组合来达 到少于50变体的最终变体列表：常见变体过滤器、预测有害过滤器、 癌症驱动变体过滤器、物理位置过滤器、遗传分析过滤器、表达过滤 器、用户定义变体过滤器、药物遗传学过滤器或定制注释过滤器。