[发明专利]一种扩增新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因核苷酸片段的引物及其应用

说明书

本发明涉及生物技术领域，公开了一种扩增新型冠状病毒（SARS‑CoV‑2）基因核苷酸片段的引物及其应用。本发明所述引物如SEQ ID NO:1所示和SEQ ID NO:2所示。本发明提供了一组用以扩增新型冠状病毒（SARS‑CoV‑2）基因核酸片段的上、下游引物，其以病毒cDNA为模板进行扩增能够排除背景基因组的非特异性干扰，特异性扩增新型冠状病毒的核苷酸片段。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体的说是涉及一种扩增新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因核苷酸片段的引物及其应用。

背景技术

2019年底，中国湖北武汉爆发新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情，已经波及全中国及其他许多国家，关乎到全国甚至全球公共卫生安全情况，被世界卫生组织定义为“国际关注的突发公共卫生事件”。早期快速诊断对防控疫情具有重要意义。荧光定量RT-PCR法可以快速、特异性地检测样本中的痕量病毒，因此，提供能够特异性检测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的引物组及方法具有重要意义。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种扩增新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因核苷酸片段的引物，使其能够排除背景基因组的非特异性干扰，特异性扩增新型冠状病毒的核苷酸片段，扩增效率和特异性更高。

为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

一种扩增新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因核苷酸片段的引物，如SEQ ID NO:1所示和SEQ ID NO:2所示。

本发明扩增引物针对病毒E蛋白基因的一段序列（SEQ ID NO:3，TCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGCGC），相对于针对病毒S蛋白基因设计的引物，具备更高的扩增效率；采用本发明提供的扩增引物对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）进行quantitative Real-time RT-PCR，结果显示Slope为-3.397，R2为0.999，扩增效率约为97%，不仅在标准要求90%-110%之间，而且更贴近100%（高扩增效率意味着可能存在非特异性扩增）；同时，熔解曲线结果表明，经过扩增只有一个典型的荧光峰，这也表明本发明扩增引物的特异性较高，不会出现引物二聚体、杂质之类的非特异性扩增。

此外，本发明同时设计了多个针对病毒E蛋白基因的引物进行对比，结果显示，只有本发明的扩增引物的扩增效率较高；同时，与文献《Clinical features of patientsinfected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China》（ VOLUME 395, ISSUE10223, P497-506, FEBRUARY 15, 2020）中提供的同样针对病毒E蛋白基因的扩增引物相比，本发明能够避免假阳性结果的出现。而且，本发明所述引物具有针对SARS-CoV-2的良好特异性，在样品为MERS-CoV时并不能产生扩增。

由此，本发明提出了所述引物在制备检测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）试剂盒中的应用。

其中，所述试剂盒可为定性检测试剂盒、半定量检测试剂盒或定量检测试剂盒。在定量检测试剂盒中，优选为荧光定量检测试剂盒，具体可以是quantitative Real-timeRT-PCR试剂盒或quantitative Real-time PCR试剂盒。

同时，本发明还提供了一种检测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的试剂盒，其特征在于，包括本发明所述引物。

作为优选，还包括如下一个或多个组分：

用于反转录新型冠状病毒（SARS-CoV-2）RNA的试剂组分和用于扩增新型冠状病毒（SARS-CoV-2）cDNA的试剂组分。