[发明专利]一种鉴定黄瓜杂交种纯度的方法及其使用的SNP引物组合

说明书

本发明公开了一种鉴定黄瓜杂交种纯度的方法及其使用的SNP引物组合。本发明所提供的SNP引物组合由8个引物组组成；每个引物组由3条引物序列组成，用于扩增一个SNP位点；各个引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24所示。该SNP引物组合可在黄瓜杂交种的种子或幼苗期进行早期鉴定，保证杂交种的纯度，切实保护生产者和育种家的权益，并为黄瓜品种的种子质量管理提供技术支持。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点，具有十分广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定黄瓜杂交种纯度的方法及其使用的SNP引物组合；杂交种指杂交一代种，可能有亲本混杂。

背景技术

黄瓜是我国重要的蔬菜作物之一，可四季栽培，周年供应，栽培面积已达139.6万公顷，占全国蔬菜栽培面积的6.2％。随着育种进程的加快，黄瓜新品种数量也在不断增加。由于我国黄瓜育种企业较小且分散，黄瓜种子的质量管理未能有效跟进，存在很多假冒伪劣、纯度不合格的种子，因此导致的种子质量事故时有发生。2017年4月，《非主要农作物品种登记办法》实施以来，全国申请登记的黄瓜品种已达1607个，且93％以上为杂交一代种(以下简称杂交种)。杂交种进入市场前，均需要进行纯度鉴定。依据农作物种子检验规程(GB/T3543.1-3543.7-1995)的规定，黄瓜杂交种的纯度不低于98％。与传统的田间纯度鉴定相比，基于DNA的分子检测技术成本低、省时高效。因此，筛选获得基于DNA检测技术的鉴定黄瓜杂交种纯度的分子标记组合显得尤为重要。

近年来，第三代分子标记SNP，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。随着高通量测序技术的发展和测序成本的不断降低，大规模黄瓜重测序成为可能。基于分析黄瓜变异组信息，可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。采用等位基因竞争性特异PCR法，开发其特异性引物，最终获得样本在SNP位点的基因型。

目前，我国黄瓜杂交种纯度鉴定的DNA分子检测主要采用SSR分子标记法，但是SSR引物的研发没有参考黄瓜基因组变异组信息，存在不真实变异情况；SSR引物筛选所用的品种数量较少，且不能代表我国当前市场的销售品种；另外受限于SSR检测方式极易导致不真实、假阳性、假阴性结果；不能适应自动化、高通量、大规模的要求。与SSR标记相比，SNP具有多个方面的优势：变异清晰稳定容易检测，真实性准确性高；每个作物均有数以百万计SNP可供选择；适宜于高通量、低成本、自动化快速检测，可减少人为误差；SNP分型无需对照品种，以准确的碱基呈现结果。

发明内容

本发明的目的是鉴定黄瓜杂交种纯度。

本发明首先保护SNP位点组合，可包括黄瓜基因组的8个SNP位点；所述8个SNP位点如下：HGSNP01位点为4号染色体上的第16975775位核苷酸；HGSNP02位点为5号染色体上的第9582207位核苷酸；HGSNP03位点为1号染色体上的第17508118位核苷酸；HGSNP04位点为1号染色体上的第1976800位核苷酸；HGSNP05位点为5号染色体上的第4054461位核苷酸；HGSNP06位点为6号染色体上的第20929474位核苷酸；HGSNP07位点为3号染色体上的第8333363位核苷酸；HGSNP08位点为5号染色体上的第2133319位核苷酸。

所述SNP位点组合具体可由上述8个SNP位点组成。

本发明还保护SNP引物组合，可包括用于扩增所述CuSNP01的引物组1、用于扩增所述CuSNP02的引物组2、用于扩增所述CuSNP03的引物组3、用于扩增所述CuSNP04的引物组4、用于扩增所述CuSNP05的引物组5、用于扩增所述CuSNP06的引物组6、用于扩增所述CuSNP07的引物组7、用于扩增所述CuSNP08的引物组8。