[发明专利]基于纳米孔测序检测片段化核酸突变和甲基化的方法

权利要求书

1.一种基于纳米孔测序检测片段化核酸突变和甲基化的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提供来源于手术或穿刺组织的FFPE样品的DNA/RNA作为片段化核酸；

(2)通过末端修复或通过单链连接反应在所述片段化核酸的末端加串联接头，其中，所述串联接头由barcode标签序列、酶切位点和保护碱基组成，且所述串联接头的长度为15-30bp；

(3)对连接串联接头后的片段化核酸进行基于探针组的目标序列富集；

(4)使富集后连接有所述串联接头后的核酸组成的文库直接进行平端混合串联连接，或通过酶切位点组合进行粘端有方向性的连接；和

(5)控制连接反应条件形成具有三代测序读长的连接产物，经纯化分选，分选得到符合纳米孔测序质控标准的串联核酸片段，然后进行纳米孔建库和测序，其中，所述串联核酸片段包含线性连接的5个以上的短片段序列和位于各短片段序列两个末端的串联接头；

短片段序列各自的长度分别为50-300bp，所述串联核酸片段的长度为1Kb-1Mb。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，各短片段序列之间通过所述串联接头连接。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，短片段序列包括来源于第一样品的短片段序列和来源于第二样品的短片段序列，其中，来源于第一样品的短片段序列与第一串联接头连接，来源于第二样品的短片段序列与第二串联接头连接，第一串联接头和第二串联接头具有不同的标签序列。