[发明专利]建立检测微卫星不稳定的基线的方法、装置及应用有效
申请号: | 202010335375.9 | 申请日: | 2020-04-24 |
公开(公告)号: | CN111583999B | 公开(公告)日: | 2023-08-18 |
发明(设计)人: | 徐冰;张静波;单光宇;伍启熹;王建伟;刘倩;唐宇 | 申请(专利权)人: | 北京优迅医学检验实验室有限公司 |
主分类号: | G16B20/30 | 分类号: | G16B20/30;G16B20/20;G06F18/214;G06F18/2431 |
代理公司: | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人: | 路秀丽 |
地址: | 100195 北京市海淀区*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 建立 检测 卫星 不稳定 基线 方法 装置 应用 | ||
1.一种建立检测微卫星不稳定的基线的方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1,针对待测样本的测序数据在人类参考基因组上所对应的区域,搜索所述区域内微卫星位点中单碱基重复位点;
S2,统计多个阴性样本白细胞测序数据在所述单碱基重复位点上不同重复类型的短序列覆盖量,舍去不同重复类型小于5及覆盖深度小于30的位点,得到候选MS位点,利用所述候选MS位点的短序列覆盖量除以样本总的短序列数量算出标准化短序列覆盖量,所有所述候选MS位点上不同重复类型的标准化短序列覆盖量即为候选MS位点基线;
所述建立检测微卫星不稳定的基线的方法还包括:使用验证过的样本作为训练集,对所述候选MS位点进行训练,统计所有训练样本在所有所述候选MS位点上不同单核苷酸重复类型的短序列覆盖量,舍去不同重复类型小于5及覆盖深度小于30的位点,利用所述候选MS位点的短序列覆盖量除以样本总的短序列数量算出标准化短序列覆盖量,应用决策树分类器算法筛选出归类于阳性样本的候选MS位点为优选MS位点,所有所述优选MS位点上不同重复类型的标准化短序列覆盖量即为优选MS位点基线。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述S1中微卫星位点的筛选标准为重复区覆盖范围为10bp~100bp,最大重复单元为5个碱基,所述人类参考基因组为人类参考基因组GRCh37/hg19。
3.一种检测微卫星不稳定的方法,其特征在于,包括:
1)建立基线,采用权利要求1至2中任一项所述的方法建立检测微卫星不稳定的基线;
2)分析待测样本的测序数据,舍去所述候选MS位点或所述优选MS位点上不同重复类型小于5及覆盖深度小于30的位点,算出剩余候选MS位点或优选MS位点上的标准化短序列覆盖量,使用秩和检验比较每个候选MS位点或优选MS位点在所述候选MS位点基线或所述优选MS位点基线和待测样本中的差异,根据差异判断微卫星不稳定。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:计算具有不稳定性的微卫星位点在所有候选MS位点或优选MS位点中的比例,该比例大于60%即认为该样本具有微卫星不稳定性。
5.一种建立检测微卫星不稳定的基线的装置,其特征在于,包括:
检测位点筛选模块,设置为针对待测样本的测序数据在人类参考基因组上所对应的区域,搜索所述区域内微卫星位点中单碱基重复位点;
候选MS位点基线生成模块,设置为统计多个阴性样本白细胞测序数据在所述单碱基重复位点上不同重复类型的短序列覆盖量,舍去不同重复类型小于5及覆盖深度小于30的位点,得到候选MS位点,利用所述候选MS位点的短序列覆盖量除以样本总的短序列数量算出标准化短序列覆盖量,所有所述候选MS位点上不同重复类型的标准化短序列覆盖量即为候选MS位点基线;
优选MS位点基线生成模块,设置为使用验证过的样本作为训练集,对所述候选MS位点进行训练,统计所有训练样本在所有所述候选MS位点上不同单核苷酸重复类型的短序列覆盖量,舍去不同重复类型小于5及覆盖深度小于30的位点,利用所述候选MS位点的短序列覆盖量除以样本总的短序列数量算出标准化短序列覆盖量,应用决策树分类器算法筛选出归类于阳性样本的候选MS位点为优选MS位点,所有所述优选MS位点上不同重复类型的标准化短序列覆盖量即为优选MS位点基线。
6.根据权利要求5所述的装置,其特征在于,所述检测位点筛选模块中微卫星位点的筛选标准为重复区覆盖范围为10bp~100bp,最大重复单元为5个碱基,所述人类参考基因组为人类参考基因组GRCh37/hg19。
7.一种检测微卫星不稳定的装置,其特征在于,包括:
基线建立模块,采用权利要求5至6中任一项所述的装置建立检测微卫星不稳定的基线;
待测样本的测序数据分析模块,设置为舍去所述候选MS位点或所述优选MS位点上不同重复类型小于5及覆盖深度小于30的位点,算出剩余候选MS位点或优选MS位点上的标准化短序列覆盖量,使用秩和检验比较每个候选MS位点或优选MS位点在所述候选MS位点基线或所述优选MS位点基线和待测样本中的差异,根据差异判断微卫星不稳定。
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