[发明专利]瘦肉型定远猪品系眼肌面积及肉质相关SNP分子标记

说明书

本发明公开了一种瘦肉型定远猪品系眼肌面积及肉质相关SNP分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，上述序列中第170位碱基处为碱基突变位点，该碱基突变位点为G或A。本发明公开了一种瘦肉型定远猪品系眼肌面积及肉质相关SNP分子标记方法，包括如下步骤：提取猪中包含上述分子标记的基因组DNA；采用上述上下游引物、基因组DNA和PCR反应缓冲液进行聚合酶链式反应，得到体外扩增产物；对体外扩增产物采用限制性内切酶进行酶切反应，得到酶切产物；对酶切产物进行多态性检测，获得各个个体的基因型。本发明公开了上述分子标记和/或上述上下游引物在瘦肉型定远猪品系生猪育种中的应用。

技术领域

本发明涉及生猪辅助育种技术领域，尤其涉及一种瘦肉型定远猪品系眼肌面积及肉质相关SNP分子标记及其方法、应用。

背景技术

瘦肉型定远猪品系是由巴克夏作父本、定远猪作母本进行杂交后，再横交固定，选育得到的新品系，该瘦肉型定远猪品系含巴克夏和定远猪血统均为50％，被毛全黑，体型大小处于巴克夏和定远猪两者之间。未经选育的群体内眼肌面积、肌内脂肪含量、肉色等指标变异系数较大(20％)，因此要经过5个世代甚至更多代次的选育才能将眼肌面积、肌内脂肪、肉色等性状进行固定并稳定遗传。但传统的选育过程中无法对种猪的眼肌面积、肌内脂肪、肉色进行选育，因为这些性状无法在活体中测定，必须将猪屠宰后对肉质进行分析后得到，而屠宰后的猪无法作为种猪用于繁殖下一代，因此必须找到用于种猪选育的标记方法，辅助进行选择。

常规选育中背膘厚与肌内脂肪呈反向相关，即通过选育背膘厚度变薄的猪，其肌内脂肪含量也变低，因此通过传统的背膘厚选择，势必肌内脂肪含量随之变低，而肌内脂肪含量是评价猪肉风味、口感、嫩度的重要指标，是关乎猪肉品质的最重要指标。肉色也是关乎猪肉品质的重要指标，肉色是消费者购买时的第一印象，因此肉色的好坏直接影响猪肉的价格。

生猪育种过程中期望得到眼肌面积大、肌内脂肪含量高、肉色好的猪种，通过传统的育种方法无法得到两者兼顾的品种，因此寻求相关分子标记方法是较为有效的辅助选择方法。在育种上间接性状的选择需要根据与之相关的性状或标记进行选择，同样可以取得育种目标，因此也要通过相关标记进行选育。

NR5A2(nuclear receptor subfamily 5，group A，member 2，孤核受体5A亚家族成员2基因)是一种重要的孤儿受体，是一种有配体激活的转录因子，属于核受体的NR5A亚家族，与体细胞重编程、胚胎发育、类固醇激素生成和癌症发生等有密切关系。在成年哺乳动物中，NR5A2主要在肝、肠和卵巢等组织中表达。NR5A2能够激活肝脏中蛋白基因的转录以及多种肝细胞转录因子，如肝细胞核因子hnf3β、hnf1α和hnf4α基因的转录。经过大量的试验，人们发现，NR5A2参与胚胎的早期发育，在胚胎干细胞中大量表达，它可以调节胚胎的内胚层的细胞的增殖，在胚胎发育中起重要作用。NR5A2可以调节干细胞多能性调节因子的表达从而调节胚胎的发育。此外，NR5A2在胚胎发育的7-8d于卵黄囊内胚层、鳃弓、神经嵴细胞大量表达。随着胚胎的发育，器官的分化，NR5A2在肝、肠、胰腺中表达，伴随胚胎的继续发育，NR5A2在肝、肠、胰腺中的表达逐渐稳定。通过各种研究，人们还发现NR5A2可以对肺肝组织的蛋白和酶进行调控。通过与低繁殖力猪种巴克夏猪NR5A2基因编码区序列的比对分析，发现了5个突变位点，其中2个碱基突变G524A和A1276G引起氨基酸的改变(分别为S175N和N426D)，而另外3个核苷酸突变为同义突变，这些突变位点的发现将为在分子水平上揭示二花脸猪高繁殖力性状形成的机制提供基础。

但NR5A2在瘦肉型定远猪品系中未发现有报道，在GenBank和Ensembl数据库中也均未发现有报道。

发明内容

为了实现孤核受体5A亚家族成员2基因(NR5A2)基因(ENSSSCG00000024975)g.22725660GA突变体检测，选育眼肌面积大、肌内脂肪含量高、肉色好的猪群，本发明提供一种瘦肉型定远猪品系眼肌面积及肉质相关SNP分子标记及其方法、应用。