[发明专利]一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法

权利要求书

1.一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：获取黑斑原鮡的染色体级别参考基因组；

S2：通过同源序列比对，确定用于染色体分析的近缘物种；

S3：利用近缘物种的基因同源性，以及染色体上的基因排序信息，确定染色体的共线性；

S4：找到鮡科鱼与不同近缘关系鱼类的染色体重组区域；

S5：利用近缘关系远近的鱼类的染色体比较，确定鮡科鱼的古染色体核型；

S6：通过鮡科鱼的古染色体核型，推断黑斑原鮡的染色体形成的过程。

2.根据权利要求1所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：

所述步骤S1通过三代测序，结合HiC建库测序的技术，构建黑斑原鮡的染色体级别的组装结果，并通过转录组等测序数据，对染色体级别组装结果进行注释，预测其全基因组水平的蛋白编码序列。

3.根据权利要求1所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：所述步骤S2通过同源序列比对，确定用于染色体分析的近缘物种：利用全基因组蛋白序列，结合其他具有染色体级别组装的鱼类基因序列信息，构建鮡科鱼类与其他鱼类的系统发育关系，确定它们之间的系统发育关系。

4.根据权利要求1所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：所述步骤S3利用近缘物种的基因同源性，以及染色体上的基因排序信息，确定染色体的共线性：对鮡科鱼类和其他鱼类的基因序列进行同源比对，获得全基因组基因之间的同源性，并根据同源基因在染色体上的排布，确定鮡科鱼与其他鱼类的染色体的共线性。

5.根据权利要求1所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：所述步骤S4找到鮡科鱼与不同近缘关系鱼类的染色体重组区域：通过鮡科鱼与其他鱼类的染色体的共线性信息，确定黑斑原鮡与不同鱼类的染色体水平上的重组区域。

6.根据权利要求1所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：所述步骤S5利用近缘关系远近的鱼类的染色体比较，确定鮡科鱼的古染色体核型：基于黑斑原鮡与不同鱼类的染色体水平上的重组区域，以及鮡科鱼与其他鱼类的进化关系，确定每个染色体水平上的重组区域是鮡科鱼特有的，还是其他鱼类特有的，确定各个重组现象发生的时间，从而推算鮡科鱼的古染色体核型。

7.根据权利要求1所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：所述步骤S6通过鮡科鱼的古染色体核型，推断黑斑原鮡的染色体形成的过程：基于鮡科鱼的古染色体核型，推算由鮡科鱼的古染色体演变为黑斑原鮡染色体的过程。

8.根据权利要求1或6所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于：所述步骤S5为：分别观察统计黑斑原鮡和黄颡鱼的染色体共线性结构，以及黑斑原鮡和斑点叉尾鮰的共线性结构，找到两个比较中均共线的区域，即为黑斑原鮡、黄颡鱼和斑点叉尾鮰祖先的古染色体核型；而非两个比较中均共线的区域，则需要在利用斑马鱼和青鳉鱼作为进化外群，如果斑马鱼和青鳉鱼支持黑斑原鮡的核型，则黑斑原鮡、黄颡鱼和斑点叉尾鮰祖先的古染色体与黑斑原鮡一致，相反，黑斑原鮡、黄颡鱼和斑点叉尾鮰祖先的古染色体则与黄颡鱼和斑点叉尾鮰一致。

9.根据权利要求1或7所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法，其特征在于所述步骤S6为：使用古染色体核型与黑斑原鮡的染色体进行比较分析，找到古染色体与黑斑原鮡的染色体的共线性区域，如果发现黑斑原鮡的一条染色体明显来自不同的古染色体的片段，则将黑斑原鮡的该染色体为一次物种特异的染色体融合；若发现黑斑原鮡的两条染色体与古染色体核型的两条染色体有共线性，表明这是黑斑原鮡特有的一次染色体断裂。

10.权利要求1-7任意一项所述的一种鮡科鱼类古染色体进化比较分析的方法在鮡科鱼类古染色体重排研究中的运用。