[发明专利]一种多倍体生物基因组二倍化程度量化评估的方法

权利要求书

1.一种多倍体生物基因组二倍化程度量化评估的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：根据基因组的K-mer分析结果，评估基因组的杂合度；

S2：根据基因组的杂合度特征，构建多倍体基因组特征模型，利用所述步骤S1获得的信息数据，计算基因组二倍化程度，具体为：

；

M为基因组K-mer总数；

N为重复区K-mer总数；

α为二倍化率；

β为二倍体重复序列所占比率；

K为基因组杂合；

S3：模拟不同二倍化程度的多倍体基因组，在该多倍体基因组特征模型基础上，模拟不同二倍化程度下的基因组序列，利用步骤S2中构建的二倍化率的关系，计算模拟基因组的二倍化率；

S4：评估多倍体二倍化率的准确性，并计算获得该多倍体基因组的二倍化程度，具体为：

根据步骤S3中的模拟的二倍化和计算获得二倍化率，评估二倍化率量化评估结果的准确性，以评估步骤S2中模型的准确性，在二倍化率量化评估准确性的基础上，利用真实的基因组序列按照步骤S2计算获得多倍体基因组的二倍化率。

2.根据权利要求1所述的一种多倍体生物基因组二倍化程度量化评估的方法，其特征在于，所述步骤S1为：通过多倍体基因组二代高通量重测序数据，统计基因组重测序数据的Kmer的类型，以及每一种类型的个数，从而构建全基因组Kmer峰图，根据峰图特征判断基因组大小、杂合度。

3.根据权利要求1所述的一种多倍体生物基因组二倍化程度量化评估的方法，其特征在于，所述步骤S1中统计基因组重测序数据的Kmer读长为17bp。

4.根据权利要求1所述的一种多倍体生物基因组二倍化程度量化评估的方法，其特征在于，所述步骤S3为：在基因组上随机引入单核苷酸突变和小片段插入缺失突变，使得模拟的多倍体基因组的二倍化程度为0.1到0.9，模拟间隔为0.1，从而获得不同二倍化程度的多倍体基因组标准数据。

5.根据权利要求1所述的一种多倍体生物基因组二倍化程度量化评估的方法，其特征在于，所述步骤S4评估方法为：利用所述步骤S2计算所得二倍化率，与所述步骤S3所得模拟标准进行线性回归评估模型准确性。