[发明专利]一种预测HLA相合机率及错配类型的方法

说明书

本发明公开了一种预测HLA相合机率及错配类型的方法，包括以下步骤：（1）构建HLA数据库；（2）录入并提交待比对基因型；（3）将步骤（2）录入的等位基因的格式转换成与HLA数据库中的格式相匹配；（4）将步骤（3）经格式转换后的基因型进行排列组合，得出单倍型组合；（5）将步骤（4）得出的单倍型组合与步骤（1）构建的HLA数据库进行比对；（6）通过比对得到预测结果。本发明所述方法有助于临床选择10/10相合机率更大的初筛供者进行确认分型，并在8‑9/10错配供者中选择可允许错配最优无关供者，节省患者检测费用，对减少移植并发症及提高移植生存均有着重要影响。

技术领域

本发明属于生物医学领域，具体涉及一种预测HLA相合机率及错配类型的方法。

背景技术

人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)不仅与同种异基因移植密切相关，并且在人类进化的遗传规律、免疫性疾病的发生和发展、肿瘤逃逸和疫苗制备中均发挥着重要作用。在临床上发生肿瘤和器官衰竭的患者最后只有通过异基因移植挽救生命，而HLA作为最常见的移植抗原，患者和供者HLA相合或错配程度直接影响移植预后及患者的长期生存。

目前可作为异基因移植潜在供者的来源有亲缘供者和非血缘供者，故临床在拟进行移植前，将患者HLA基因分型结果同时在亲缘供者进行筛选，及在中华骨髓库中进行无关供者的检索匹配。当患者没有亲缘供者可选择移植的情况下，在选定的初步匹配无关供者中选择最佳匹配供者至关重要。目前中华骨髓库检索流程如下：1)无关供者初筛后有两种结果：HLA-A,B,DRB1,C,DQB1五个位点10个等位基因高分结果；HLA-A,B,DRB1三个位点6个等位基因高分或低分结果。2)确认分型是对上述不同匹配程度的初筛供者和患者的样本和结果再次确认。

由于不同患者检索到初步匹配供者的机会不同；A,B,DRB1位点6/6高分或低分、9/10相合初步匹配供者，在确认分型阶段出现HLA各种位点相合或错配的概率不同，故目前的检索方法存在盲目性大，患者检测费用高等不足。

中国人群HLA等位基因及单倍型频率与国际其他种族存在明显差异性，国外虽有文献提及利用HLA基因分型预测供者相合机率，然而并没有形成完整的检索体系并在临床病例中得到应用。

发明内容

为了解决以上现有技术存在的问题，本发明的目的在于提供一种预测HLA相合机率及错配类型的方法。

为了实现上述目的，本发明提供以下技术方案：

一种预测HLA相合机率及错配类型的方法，包括以下步骤：

(1)构建HLA数据库；

(2)录入并提交待比对基因型，录入的基因型为HLA-A,B,C,DRB1,DQB1位点基因型；

(3)将步骤(2)录入的等位基因的格式转换成与HLA数据库中的格式相匹配：

(4)将步骤(3)经格式转换后的基因型进行排列组合，得出单倍型组合；

(5)将步骤(4)得出的单倍型组合与步骤(1)构建的HLA数据库进行比对；

(6)通过比对得到预测结果。

进一步的，所述HLA数据库包括HLA等位基因CWD数据库、HLA单倍型频率数据库和HLA负连锁数据库；其中所述HLA单倍型频率数据库包括10/10相合预测数据库、9/10相合预测数据库和C,DQB1预测数据库。