[发明专利]一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用

说明书

本发明涉及一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用。本发明的panel包含54419个靶向DNA探针，该靶向DNA包括人类基因组上445个基因的外显子区域，2573个微卫星不稳定性(MSI)位点和566个用于检测基因融合的位置区间。本发明中的检测方法可一次性检测肿瘤体细胞多位点DNA突变的SNV、Indel、CNV、Fusion、MSI、TMB、HLA分型等。便于在乳腺癌免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用。

背景技术

乳腺癌是一种全身性疾病，其发生和发展是一个涉及多因素、多环节的复杂过程，包括癌基因的激活以及抑癌基因的失活等。因此，基因突变在乳腺癌的发生、发展过程中起着非常重要的作用。

乳腺癌是一个多因素遗传变异性疾病，只有不足10％是由于单基因缺陷引起的。随着二代测序(NGS)的快速发展，越来越多与乳腺癌相关基因被发现，这些基因上潜在的遗传变异(单核苷酸多态和拷贝数变异)会引起乳腺癌药物治疗效果的差异。

乳腺癌是一种常见的、高风险、患病人群广的癌症，乳腺癌基因检测对于肿瘤防治具有重要意义，目前对于乳腺癌相关基因突变的检测多以单方面检测为主，检测某一类突变，但全面检测方面的报道鲜有耳闻。而目前一些药物，如靶向药物具有特异性针对某种肿瘤基因突变达到精准杀伤的效果，不同肿瘤患者肿瘤驱动基因突变存在差异，会导致不同患者对同一药物产生不同、甚至截然相反的治疗效果，因此单方面检测和小panel检测往往存在信息不全面或检测不准确的缺陷，不能明确且全面的了解患者发生了那种基因突变，适合应用哪种药物，不能实现精准医疗。

其次，现有的生物信息分析流程复杂，参数繁多，需要经验丰富的专业生物信息分析人员才能完成，因此，一种能够全面快速地检测乳腺癌及其肿瘤类型的大基因panel及其检测方法是目前乳腺癌精准医疗的所迫切需要的实际需求。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一种用于乳腺癌突变基因检测的基因panel；

本发明的另一目的在于提供一种检测乳腺癌突变基因的方法；

本发明的另一目的在于提供上述基因panel在制备检测乳腺癌的产品中的应用。

本发明所采取的技术方案是：

本发明的第一个方面，提供：

一种乳腺癌突变基因检测的基因panel，包括用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针；

上述靶向DNA包括人类基因组上基因的外显子区域、微卫星不稳定性位点以及基因融合位置区间。

本发明的基因panel共包含54419个用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针，其靶向DNA包括人类基因组上445个基因的外显子区域、2573个微卫星不稳定性(MSI)位点和566个用于检测基因融合的位置区间。

利用本发明的基因panel结合二代测序技术能够一次性检测多个位点的多种DNA突变或变异(单核苷酸变异(SNV)、插入和缺失(INDEL)、拷贝数变异(CNV)、基因融合(Fusion)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)、人类白细胞抗原(HLA)分型)以便在癌症治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化靶向治疗药物及方案，此外，本发明的基因panel检测结果还可用于肿瘤免疫治疗疗效评估。

进一步地，上述靶向DNA探针是覆盖所对应基因全部外显子区域的全部探针组合；

优选地，上述靶向DNA包括人类基因组上如表1中的445个基因的外显子区域中的一个或多个。

进一步地，上述靶向DNA探针是覆盖基因融合位置区间的全部探针组合；