[发明专利]一种慈菇SSR引物组及其应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及一种慈菇SSR引物组及其应用，本发明以对不同地域的慈菇材料进行DNA提取、测序、分析获得相应的SSR引物组，该引物组能对本申请几种不同地域的慈菇材料进行分类、鉴别，判定其亲缘关系的远近，为研究慈菇品种的基因组成、亲缘关系、育种提供分子生物学上的参考依据，是一组具有高多态性的SSR引物组，能起到对不同种质资源慈菇的良好聚类和鉴定作用。

【技术领域】

本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及一种慈菇SSR引物组及其应用。

【背景技术】

慈菇(学名：Sagittaria sagittifolia L.)，又称茨菰、慈菇、燕尾草、白地栗等，是泽泻科慈菇属的一种多年生草本植物，果实可食用，味涩。慈菇在我国南方常食用的野生蔬菜，在广西种质资源极其丰富，但是在种质资源遗传多样性的研究和保护方面研究还较少，随着市场需求，目前涌现出越来越多的科研人员对慈菇进行育种研究，而如何有效对慈菇品种进行分类鉴定是育种前期的要求，基于慈菇的地域限制，目前对慈菇的分子遗传标记开发还少有报道，利用分子标记的方法对不同品种的慈菇进行分类就显得尤为重要。

因此，需要对慈菇的SSR引物进行开发，以为后续开展遗传育种、基因组作图、基因定位和物种亲缘关系鉴别等研究提供新的引物。

【发明内容】

鉴于上述内容，有必要提供一种慈菇SSR引物组及其应用，该引物组具有多态性好，能快速区分慈菇品种，对慈菇进行亲缘关系鉴别，可为今后开展遗传育种、基因组作图、基因定位和物种亲缘关系鉴别等研究提供新的基因位点和鉴定引物。

为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

一种慈菇SSR分子标记引物组，所述SSR引物组的序列如SEQ ID NO.1～42所示。

进一步的，所述SSR引物组能对不同地域的慈菇进行区分。

进一步的，所述不同地域的慈菇分别为：昭平慈菇、荔浦慈菇、合浦慈菇、柳江慈菇、灌阳慈菇、田阳慈菇和野生慈菇。

一种构建如所述一种慈菇SSR分子标记引物组的方法，所述方法为：提取慈菇的DNA、对DNA进行测序、对测序完成的DNA序列进行分析、选取适合引物设计的位点设计引物序列并合成相应引物、用引物对不同种质资源的慈菇样品进行扩增，选取具有特异性的引物构建引物组。

进一步的，所述用引物对不同种质资源的慈菇样品进行扩增的PCR反应体系为：ddH₂O8μl，PCR扩增试剂10μl(其中，PCR扩增试剂为2×TSINGKE Master Mix(green))，10μM的SSR上游引物0.5μl，10μM的SSR下游引物0.5μl，DNA模板1μl；PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，56℃复性30s，72℃延伸90s，共35个循环；最终72℃延伸5min。

本发明还包括一种慈菇SSR分子标记引物组的应用，该引物组用于检测不同慈菇品种遗传多样性。

本发明还包括一种慈菇SSR分子标记引物组的应用，该引物组用于对不同地域的慈菇品种进行区分和/或聚类分析。

本发明具有如下有益效果：

本发明以慈菇为材料，提取慈菇的DNA并进行酶切、测序、分析得到相应的SSR引物，可为慈菇的遗传多样性和遗传关系的应用研究提供更多有效的SSR标记，经分析该引物具有高多态百分数的特点，多态性位点达到83.33％以上，使用该引物组进行验证扩增效果良好，能对不同地域的慈菇品种进行遗传性分析；且该引物组的选择为慈菇在今后的遗传育种中如QTL定位、亲缘关系鉴定、遗传多样性研究及杂种优势预测等方面提供有价值的遗传工具，并通过系谱亲本间遗传关系的研究能为慈菇的育种亲本合理选配及慈菇种质创新利用提供参考依据。

【附图说明】

图1是本发明实施例中慈菇的SSR基序类型分布图；