[发明专利]一种基于复合微单倍型焦磷酸测序图谱解析的法医学混合DNA的分析方法有效
申请号: | 202010493118.8 | 申请日: | 2020-06-03 |
公开(公告)号: | CN111667883B | 公开(公告)日: | 2021-01-22 |
发明(设计)人: | 张霁;代号;王玉芳;曹悦岩;宋凤;罗海玻;陈晓刚 | 申请(专利权)人: | 四川大学 |
主分类号: | G16B25/20 | 分类号: | G16B25/20;G16B30/00;C12Q1/6869 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 瞿晓晶 |
地址: | 610041 四*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 复合 微单倍型焦 磷酸 图谱 解析 法医学 混合 dna 分析 方法 | ||
1.一种基于复合微单倍型焦磷酸测序图谱解析的法医学混合DNA的分析方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)提取样本的DNA,得到样本DNA;
2)对所述步骤1)得到的样本DNA进行荧光定量,得到定量样本DNA,将所述定量样本DNA进行PCR,得到PCR产物;
3)对所述步骤2)得到的PCR产物进行焦磷酸测序,分别得到每个微单倍型的基因分型结果;
4)使用AdvISER-M-PYRO算法对步骤3)得到的每个微单倍型的基因分型结果进行解析,得到微单倍型的基因分型结果、贡献者构成、贡献系数和相关系数;
5)使用支持向量机算法对步骤3)得到的微单倍型的基因分型结果进行分类,得到每个微单倍型的基因分型构成,得到每个混合DNA的贡献者构成;
所述步骤2)PCR使用的引物包括SEQ ID No.1~8所示的核苷酸序列;所述SEQ ID No.1~2扩增微单倍型mh03ZJ-001;所述SEQ ID No.3~4扩增微单倍型mh06ZJ-001;所述SEQ IDNo.5~6扩增微单倍型mh07ZJ-001;所述SEQ ID No.7~8扩增微单倍型mh19ZJ-001;
所述步骤3)焦磷酸测序使用的引物包括SEQ ID No.9~12所示的核苷酸序列;所述SEQID No.9测序微单倍型mh03ZJ-001;所述SEQ ID No.10测序微单倍型mh06ZJ-001;所述SEQID No.11测序微单倍型mh07ZJ-001;所述SEQ ID No.12测序微单倍型mh19ZJ-001。
2.根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤3)焦磷酸测序,当所述PCR产物中仅含有微单倍型mh03ZJ-001时,所述焦磷酸测序的体系每50μl包括:2×GoTaqColorless Master Mix 25μl、浓度为10μM的SEQ ID No.91.2μl、无核酸酶水21.8μl和浓度为5ng/μL的PCR产物2μl。
3.根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤3)焦磷酸测序,当所述PCR产物中仅含有微单倍型mh06ZJ-001时,所述焦磷酸测序的体系每50μl包括:2×GoTaqColorless Master Mix 25μl、浓度为10μM的SEQ ID No.101μl、无核酸酶水22μl和浓度为5ng/μL的PCR产物2μl。
4.根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤3)焦磷酸测序,当所述PCR产物中仅含有微单倍型mh07ZJ-001时,所述焦磷酸测序的体系每50μl包括:2×GoTaqColorless Master Mix 25μl、浓度为10μM的SEQ ID No.111.4μl、无核酸酶水21.6μl和浓度为5ng/μL的PCR产物2μl。
5.根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤3)焦磷酸测序,当所述PCR产物中仅含有微单倍型mh19ZJ-001时,所述焦磷酸测序的体系每50μl包括:2×GoTaqColorless Master Mix 25μl、浓度为10μM的SEQ ID No.120.8μl、无核酸酶水22.2μl和浓度为5ng/μL的PCR产物2μl。
6.根据权利要求2~5任一项所述的分析方法,其特征在于,制备焦磷酸测序使用的模板的程序为:预变性95℃2min;Touchdown阶段95℃30s,71℃45s,72℃30s,20个循环,每一个循环71℃下降0.5℃;循环扩增阶段95℃30s,61℃45s,72℃30s,25个循环;终延伸72℃5min。
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