[发明专利]基于基因表达特征的细胞分类方法、装置和电子设备有效
申请号: | 202010497164.5 | 申请日: | 2020-06-03 |
公开(公告)号: | CN111681710B | 公开(公告)日: | 2021-08-27 |
发明(设计)人: | 胡朔枫;应晓敏;何振;武家琦;刘璞;卢康;冯超 | 申请(专利权)人: | 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B20/00 |
代理公司: | 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 | 代理人: | 张萌 |
地址: | 100850 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 基因 表达 特征 细胞 分类 方法 装置 电子设备 | ||
1.一种基于基因表达特征的细胞分类方法,其特征在于,包括:
计算第一组织样本与第二组织样本的第一差异表达基因,所述第一差异表达基因包括所述第一组织样本与所述第二组织样本中表达不一致的若干个基因;
确定所述第一差异表达基因在所述第一组织样本中的平均表达值大于在所述第二组织样本中的平均表达值的第一差异基因;
计算所述第一差异基因在所述第一组织样本和所述第二组织样本中的变化倍数;
基于所述变化倍数将所述第一差异基因排序,并获取排序中的前第一数量个基因组成第一组织特征基因集;
确定所述第一差异表达基因在所述第二组织样本中的平均表达值大于在所述第一组织样本中的平均表达值的第二差异基因;
计算所述第二差异基因在所述第一组织样本和所述第二组织样本中的变化倍数;
基于所述变化倍数将所述第二差异基因排序,并获取排序中的前第一数量个基因组成第二组织特征基因集;
计算所述第一组织特征基因集和所述第二组织特征基因集在细胞群体的每个细胞中的平均表达值,分别记为第一平均表达值和第二平均表达值,所述细胞群体包括若干个细胞;
基于所述第一平均表达值和所述第二平均表达值,采用聚类算法将所述细胞群体中的细胞分为第一细胞群体和第二细胞群体两类。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,还包括:
计算所述第一细胞群体与所述第二细胞群体的第二差异表达基因,所述第二差异表达基因包括所述第一细胞群体与所述第二细胞群体中表达不一致的若干个基因;
在所述第二差异表达基因中选取在所述第一细胞群体和所述第二细胞群体中高表达的前第一数量个基因,分别组成第一群体差异基因集和第二群体差异基因集。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,还包括:
如果所述第一组织特征基因集与所述第一群体差异基因集不一致,则更新所述第一组织特征基因集为第一群体差异基因集;
或者,如果所述第二组织特征基因集与所述第二群体差异基因集不一致,则更新所述第二组织特征基因集为第二群体差异基因集。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,还包括:
重复执行以下操作,直至所述第一组织特征基因集与所述第一群体差异基因集一致,且所述第二组织特征基因集与所述第二群体差异基因集一致,根据此时所述细胞群体的分类情况确定所述细胞的分类结果:
计算所述第一组织特征基因集和所述第二组织特征基因集在细胞群体群体的每个细胞中的平均表达值,分别记为第一平均表达值和第二平均表达值;
基于所述第一平均表达值和所述第二平均表达值,采用聚类算法将所述细胞群体中的细胞分为第一细胞群体和第二细胞群体两类;
计算所述第一细胞群体与所述第二细胞群体的第二差异表达基因;
将所述第二差异表达基因按表达频率排序,分别在所述第一细胞群体与所述第二细胞群体中获取排序中的前第一数量个基因,组成第一群体差异基因集和第二群体差异基因集。
5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,还包括:
如果所述第一组织特征基因集与所述第一群体差异基因集一致,且所述第二组织特征基因集与所述第二群体差异基因集一致,则根据所述细胞群体的分类情况确定所述细胞的分类结果。
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