[发明专利]与甘蓝型油菜第一分枝高度性状紧密相关的主效QTL位点及SNP分子标记及应用

说明书

本发明涉及分子生物学及油菜育种技术领域，特别涉及与甘蓝型油菜第一分枝高度性状紧密相关的主效QTL位点及SNP分子标记及应用。本发明发现了3个与甘蓝型油菜第一分枝高度性状紧密相关的分子标记，分别位于甘蓝型油菜的A02染色体的第6195139位碱基、第7186857位碱基、第7061193位碱基、其对甘蓝型油菜第一分枝高度性状的贡献率分别为15.85%、11.6%和9.3%。本发明挖掘的分子标记对甘蓝型油菜第一分枝高度性状的贡献率高，对甘蓝型油菜第一分枝高度的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，适于大规模推广应用。

技术领域

本发明涉及分子生物学及油菜育种技术领域，特别涉及与甘蓝型油菜第一分枝高度性状紧密相关的主效QTL位点及SNP分子标记及应用。

背景技术

油菜(Brassica napus)是十字花科芸薹属植物中的一种重要的油料作物，是世界上三大油料作物之一，也是我国播种面积和产油量最大的油料作物，所产菜籽油是国产食用植物油的第一大来源。因此国家把发展油菜生产作为保证食用油安全供应的重点，具有重要的现实意义。甘蓝型油菜(Brassica napus L.)由于具有抗病、产量高、适应性广、耐逆行性强等特点，成为主要栽培品种。油菜以实现“双低、三高、两化”(低芥酸、低硫苷，高产、高抗、高效，产业化和机械化)为首要育种目标，培育高产量和适合机械化收割的油菜品种是当务之急。油菜第一分枝高度作为油菜重要的农艺性状，直接影响能否进行有效机械收割。但是这些性状受环境的影响较大，依靠传统的育种方法和技术在现有的基础上很难有较大的突破，因此将数量遗传学和分子标记技术相结合，为油菜遗传育种的发展期供了新的机会。

基于SNP的分子标记技术被认为是继RFLP和SSR之后出现的第三代分子标记，是指同一位点的不同等位基因之间个别核苷酸的差异或只有小的缺失、突变、插入等，通过基于测序或PCR的DNA芯片技术等方法可以实现自动化批量检测，因而在基因定位的研究中有着不可比拟的优越性和潜力。

现有技术中，王嘉等(作物学报，2015)指出油菜第一分枝高度是影响分枝数的重要因素，也是决定能否高效机械收割的重要指标，但第一分枝高度作为数量性状由多基因控制，且与环境的互作效应显著，在无分子标记辅助的情况下较难实现直接选择。因此，借助分子标记和数量性状位点(QTL)定位，在分子水平对甘蓝型油菜第一分枝高度的数量性状进行研究，将有助于选育高产和易于机械收割的油菜品种，同时为揭示相关分子机理和克隆第一分枝高度基因奠定基础。

发明内容

为了解决上述现有技术中存在的问题，本发明的目的在于提供一种与甘蓝型油菜第一分枝高度性状的主效QTL位点的SNP分子标记，通过检测该分子标记，可以对甘蓝型油菜第一分枝高度进行育种筛选；所述的SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A02染色体的第6195139位碱基，该碱基为A或G。

本发明的另一个目的在于提供了一组与甘蓝型油菜第一分枝高度性状的主效QTL位点的SNP分子标记，所述的分子标记为A02染色体的第6195139位碱基与其他标记两两组合，或者3个组合一起，对甘蓝型油菜第一分枝高度进行育种筛选。

为了达到上述目的，本发明采取以下技术措施：

与甘蓝型油菜第一分枝高度性状的主效QTL位点的SNP分子标记的获得：

(1)对324份来源世界各地的甘蓝型油菜高世代品系构成自然群体，在武汉市阳逻试验基地和扬州市农科院试验基地完成3年2点的第一分枝高度性状调查。

(2)采用直播定苗,行距33cm,株距15cm，每个小区4行，随机设计三个重复。试验材料田块四周种植保护行。

(3)第一分枝高度：从地面到第一个有效分枝的高度。

(4)用BLUP方法(http://www.extension.org/pages/61006)对多年多点表型数据进行整合，得到第一分枝高度育种值做为第一分枝高度表型。