[发明专利]基于二代测序探针捕获技术肿瘤微卫星不稳定检测试剂盒在审

专利信息
申请号: 202010515550.2 申请日: 2020-06-09
公开(公告)号: CN111926075A 公开(公告)日: 2020-11-13
发明(设计)人: 方小云 申请(专利权)人: 俊兮生物科技(上海)有限公司
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;C12Q1/6869
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 201601 上*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 基于 二代 探针 捕获 技术 肿瘤 卫星 不稳定 检测 试剂盒
【权利要求书】:

1.基于二代测序探针捕获技术肿瘤微卫星不稳定检测试剂盒,其特征在于:所述检测试剂盒采用二代测序探针捕获技术,所述检测试剂盒的试剂包括质控品、建库试剂和RNA探针;

所述质控品包括阴性质控品和阳性质控品;所述阴性质控品为阴性样本溶于TE中,所述阳性质控品为含有MSI位点的质粒溶于TE中;

所述建库试剂包括末端修复加A 试剂、加接头试剂、扩增试剂、杂交试剂、捕获试剂和扩增试剂;

所述RNA探针为识别相关MSI位点的RNA单链探针,所述RNA探针的片段长度在90-120nt之间,且修饰有生物素,所述RNA探针与DNA文库片段进行杂交,捕获链霉亲和素特异性的识别生物素、特异性的洗脱和富集程序,得到最终所需的DNA片段。

2.根据权利要求1所述的基于二代测序探针捕获技术肿瘤微卫星不稳定检测试剂盒,其特征在于:所述检测试剂盒的使用方法,具体步骤为:

S1:利用超声波进行物理打断DNA;

S2:进行末端修复和加A654尾反应,取用S1中的反应液50ul与末端修复加A尾反应液15ul进行轻微吹打混匀,在20℃进行混匀30分钟后加热到65℃反应30分钟,最后保持10℃进行反应的到反应液A;

S3:进行加接头反应,取用S2中的65ul反应液A、加接头缓冲液25ul、加接头酶5ul和接头5ul进行轻微吹打混匀,在20℃进行混匀15分钟后加热到70℃反应10分钟,最后保持10℃进行反应的到反应液B;

S4:进行第一步纯化反应,获得反应液C;

S5:进行文库扩增反应;取用S4中的15ul反应液C、扩增混合液25ul和通用引物10ul进行轻微吹打混匀,获得反应液D;

S6:进行第二步纯化反应,获得反应液E;

S7:进行杂交反应,获得反应液F;

S8:进行捕获反应,获得反应液G;

S9:进行PCR富集反应,获得反应液H;

S10:进行第三步纯化反应,获得反应液J;

S11:质控品数据分析。

3.根据权利要求2所述的基于二代测序探针捕获技术肿瘤微卫星不稳定检测试剂盒,其特征在于:所述S1利用超声波进行物理打断DNA具体操作为:检测开始前30分钟启动Covaris M220仪器,检查Covaris槽装满AFA-grade water(新鲜去离子水)至刚好淹过槽口,且覆盖管的玻璃部分,设置温度在4℃之间,以保证读到的水浴温度为4℃;根据microTUBE类型(50 μL 和130 μL)和目标片段(200~300 bp),预先设置打断程序;将250 ng的高质量白细胞gDNA 加到microTUBE管,使用无核酶水稀释至总体积为55 μL,盖上管盖使用预设程序进行基因组打断。

4.根据权利要求2所述的基于二代测序探针捕获技术肿瘤微卫星不稳定检测试剂盒,其特征在于:所述S4进行第一步纯化反应,获得反应液C的具体步骤为:

S41:纯化磁珠提前在室温孵育30 min,使用之前vortex混匀;

S42:取80 ul纯化磁珠(样本:磁珠=1:0.8)加入至加接头的溶液中,vortex 30s,室温孵育10min;

S43:配置新鲜的75%乙醇;

S44:孵育后的混合液放置磁力架上,待上清液澄清后,将上清液倒出;

S45:加300 ul 75%乙醇,停留1 min,弃去,重复两次;

S46:离心,弃去残液,待磁珠干燥;

S47:加水18 ul洗脱磁珠上的DNA,室温孵育5 min,放置磁力架上,回收,继续下步操作。

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