[发明专利]人CNOT1突变基因及其在肝癌行FOLFOX4方案化疗耐药评估中的应用

说明书

本发明提供了一种人CNOT1基因的g.[42481_42482delAG]突变形式，突变所在片段序列如SEQ ID NO：2所示；CNOT1基因发生g.[42481_42482delAG]突变的肝癌患者对FOLFOX4化疗方案耐药。可以采用含有5’‑CTTCTTGAAAAAGTAAGTTCTTA‑3’和5’‑ATTCTAGTTTTGTCTACATCTC‑3’引物以及5’‑VIC‑GTACAAGGTGAGTGA‑MGB‑NFQ‑3’探针的试剂盒或用其构建基于数字PCR或实时荧光定量PCR的方法对发生g.[42481_42482delAG]突变的CNOT1突变基因片段进行扩增和突变检测。本发明提供的CNOT1基因的g.[42481_42482delAG]突变形式目前尚未见报道，这种突变可以做为肝癌行FOLFOX4方案化疗耐药的基因标志物，可以应用于耐药的预测和评估中，具有准确特异和及时有效的优点。

技术领域

本发明属于医学分子生物学领域，具体涉及人CNOT1突变基因及其在肝癌行FOLFOX4方案化疗耐药评估中的应用。

背景技术

肝癌是中国人最常罹患和最易致死的主要癌症，根据国家癌症中心发布的全国最新癌症报告（2019年版），肝癌发病率位列恶性肿瘤第四位，死亡率则高居恶性肿瘤第二位，目前国内新发肝癌病例和死亡病例均占世界的一半以上。肝癌早期症状不明显，60%以上的患者确诊时已是中晚期了，往往失去了手术治疗的最佳机会。化疗是中晚期肝癌的重要治疗方式，然而肝癌患者对化疗药物的敏感性存在差异，对化疗耐药的肝癌患者的预后非常差；此外，肝癌癌灶存在异质性且在化疗过程中容易发生新的耐药突变，因此化疗过程中常常会出现继发性耐药，需要及时变更治疗方案。目前临床上还无法及时准确地预测和评估肝癌患者对化疗药物的反应，导致大多数肝癌化疗患者不断进行试验性化疗，既耽误病情又承受了不必要的药物毒副反应。因此，如何在化疗前有效探知原发性耐药以及在化疗过程中及时监测是否发生继发性耐药十分重要。目前临床上对于肝癌化疗疗效评估主要依靠的是影像学手段和血清学指标，然而影像学手段往往存在一定的滞后，血清标记物（如血清甲胎蛋白即AFP）则普遍特异性不强，且这两者均无法有效准确地反映癌灶的分子本质，从而难以分析和预测其变化趋势，对治疗的指导价值比较有限。为此，亟需寻找特异准确的肝癌化疗分子标志物，预测和评估化疗疗效，及时发现耐药人群和耐药时间节点，以便有效指导化疗方案的选择和及时变更。

目前临床上在癌症治疗中使用的结合了氟尿嘧啶、奥沙利铂等常用化疗药物优点的FOLFOX4化疗方案，由于其在整体反应率、疾病控制率、无进展生存期、总生存期方面，均优于传统化疗药物（如阿霉素），且耐受性和安全性较好，因此自2011年起FOLFOX4方案就被原国家卫生部颁发的《原发性肝癌诊疗规范》所收录，推荐用于治疗晚期原发性肝癌。本发明针对接受FOLFOX4方案化疗治疗的原发性肝癌（下文简称肝癌）患者，采集其化疗前和化疗过程中的血样并提取其细胞外游离DNA（cell-free DNA，即cfDNA），通过二代DNA测序技术解析其中的循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA即ctDNA）来监测癌灶突变变动信息，并结合临床疗效评估信息分析，结果发现CNOT1（CCR4-NOT transcription complexsubunit 1）基因的两种特定突变以及NPAS2（Neuronal PAS domain protein 2）的两种特定突变可以做为肝癌行FOLFOX4方案化疗耐药的标志物，而缺乏有效特异的化疗疗效和耐药评估分子标志物正是FOLFOX4方案在肝癌化疗上面临的一大棘手难题，导致其难以实现精准化疗。