[发明专利]一种鉴定黄瓜绿美1号杂交种子纯度的Indel标记引物对及方法

说明书

本发明公开了一种用于黄瓜绿美1号杂交种子纯度鉴定的Indel标记引物对，所述标记包括Indel 79上游引物Indel 79‑F和下游引物Indel 79‑R，所述上游引物Indel 79‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述下游引物Indel 79‑R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明还公开一种用于黄瓜绿美1号杂交种子纯度鉴定的方法，通过本发明引物及方法，只需简单提取黄瓜叶片基因组DNA，然后进行PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳，即可有效的鉴定绿美1号黄瓜杂交种子的纯度，能够替代田间纯度鉴定的方法，大大缩短鉴定周期，节省鉴定成本，提高鉴定准确度，具有较强的商业应用价值。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种用于鉴定黄瓜绿美1号杂交种子纯度的Indel标记引物对及方法。

背景技术

黄瓜是我国种植面积最大的蔬菜之一，也是我国主要的经济作物之一。目前随着保护地及玻璃温室栽培面积的逐步扩大，黄瓜的种植也由一年一茬变成了一年三茬。黄瓜的品种也在逐渐的丰富起来，不再作为一种单一的蔬菜而存在。由于不同地区对黄瓜品种的需求不同，育种工作者就要根据区域进行不同类型黄瓜的选育。同时，种子质量也是相当的重要，种子纯度又是衡量种子质量的重要指标之一。

目前黄瓜育种的主要方法就是杂交育种。黄瓜属于雌雄同株，异花授粉作物，受环境以及外界影响特别大。在黄瓜杂交育种过程中，由于花粉混杂、昆虫传粉等原因，常会出现假杂交种，导致种子纯度下降，降低种子质量，给生产及销售上造成巨大的经济损失。传统的纯度鉴定主要是通过田间区域性试验进行形态学鉴定，虽然鉴定结果比较准确但是植株形态测定需要时间较长，难以满足在调查过程中快速测定的需要，费时费工、占地面积又比较大。因此，如何快速、准确鉴定黄瓜纯度成为黄瓜生产及销售中的重中之重。

随着分子生物学技术的成熟，分子技术在种子纯度鉴定上得到了广泛的应用。DNA分子标记技术能够从基因水平上检测种子遗传特异性的差。黄瓜全基因组测序的完成及重测序技术的发展，便于Indel标记的开发，且Indel标记具有数量丰富、准确性高、稳定性好、快捷简便等优点，不仅用于分子标记辅助育种，而且也可用于杂交种子纯度检测。

发明内容

本发明以江苏绿港现代农业发展有限公司自主选育的黄瓜绿美1号亲本为试验材料，通过全基因组测序，依据亲本间核苷酸数量的不同，设计大量插入/缺失标记，开发出一对在黄瓜多个杂交种子亲本间具有强多态性的Indel标记，可以快速鉴定黄瓜杂交种子纯度，

克服黄瓜杂交种子田间纯度鉴定周期性长及受环境影响大的缺点。本发明的目的在于提供一种用于黄瓜杂交种子纯度鉴定的Indel 标记，该标记能够用于黄瓜绿美1号、18C686、19C147、19C087杂交种子纯度的鉴定；本发明的目的还在于提供一种基于PCR的黄瓜种子纯度鉴定的方法，用该方法可以通过简单的琼脂糖凝胶电泳即可检测种子纯度。

本发明所采用的技术方案是：

一种用于鉴定黄瓜绿美1号杂交种子纯度的Indel标记引物对，所述标记引物对包括Indel 79的上游引物Indel 79-F和下游引物Indel 79-R，所述上游引物Indel 79-F 的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述下游引物Indel 79的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

上述引物的具体核苷酸序列如下：；

上游引物Indel 79-F：5′-TGCCAACAGTTACATGACTTTGTG-3′（SEQ ID NO.1）

下游引物Indel 79-R：5′-CAAGTGTTGAGGACGTTACTATGC-3′（SEQ ID NO.2）

一种用于黄瓜绿美1号杂交种子纯度鉴定的方法，包括以下步骤：

（1）提取黄瓜亲本及其杂交F1的叶片基因组DNA；