[发明专利]一种基于核心基因组SNP分析的副溶血性弧菌溯源方法在审
| 申请号： | 202010551662.3 | 申请日： | 2020-06-16 |
| 公开（公告）号： | CN111724859A | 公开（公告）日： | 2020-09-29 |
| 发明（设计）人： | 庞锐;吴清平;吴诗;张菊梅;黎艳萍;雷涛;陈谋通;张淑红;杨小鹃;叶青华 | 申请（专利权）人： | 广东省微生物研究所（广东省微生物分析检测中心） |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G16B50/00 |
| 代理公司： | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人： | 郝传鑫 |
| 地址： | 510070 广东省广州*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 基于 核心 基因组 snp 分析 溶血 弧菌 溯源 方法 | ||
1.一种副溶血性弧菌溯源方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)全基因组测序：构建样品副溶血性弧菌基因组文库并进行全基因组测序和组装，得到样品副溶血性弧菌全基因组序列；
(2)核心基因组SNP分析：以包括RIMD2210633参考菌株的已知副溶血性弧菌的基因组序列作为参考基因组集，对样品菌株核心基因组SNP进行分析；
(3)过滤重组区域及系统发育分析：预测并过滤副溶血性弧菌菌株基因组上潜在的重组区域，过滤后的对齐序列进行系统发育分析，构建进化树；
(4)进化树可视化及溯源分析：将分析结果可视化，根据样品菌株与参考菌株之间的双尾SNP距离进行溯源分析。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括对样品中的副溶血性弧菌进行分离和鉴定的过程，并提取样品中鉴定得到的副溶血性弧菌DNA的过程。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(1)中测序深度≥100×，测序产出的reads经过滤后需符合Q30≥85％，测序结果通过SPAdes软件对clean reads进行组装，参数设置为：spades.py--careful-1Reads_1.fastq-2Reads_2.fastq-k 21,33,55,77,99,127--cov-cutoff auto-o./assembly。
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)中的已知副溶血性弧菌选取于样品来源地相关性高的已知副溶血性弧菌。
5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)为：使用Parsnp软件对样品菌株的全基因组序列进行比对分析，参数设置为：parsnp-p 16-d./dir-r./dir/RIMD2210633.fna-c-x。
6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(3)为：使用Gubbins软件预测并过滤副溶血性弧菌菌株基因组上潜在的重组区域，过滤后的对齐序列通过RAxML软件进行系统发育分析。
7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(4)的可视化过程通过iTOL在线软件实现。
8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法用于判断样品副溶血性弧菌的致病性；其中，所述步骤(2)中的参考基因组集包括已知致病性副溶血弧菌的基因组数据。
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