[发明专利]一种儿童个体化用药基因检测方法在审

专利信息
申请号: 202010559185.5 申请日: 2020-06-18
公开(公告)号: CN111808944A 公开(公告)日: 2020-10-23
发明(设计)人: 黄娟;韩勋领;谢海迎;罗锋 申请(专利权)人: 重庆浦洛通基因医学研究院有限公司
主分类号: C12Q1/6883 分类号: C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12N15/11
代理公司: 重庆智慧之源知识产权代理事务所(普通合伙) 50234 代理人: 孙方
地址: 400711 重庆市北碚*** 国省代码: 重庆;50
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摘要:
搜索关键词: 一种 儿童 个体化 用药 基因 检测 方法
【权利要求书】:

1.一种儿童个体化用药基因检测方法,其特征在于,包括以下步骤:

1)取含有EDTA抗凝剂血液样本进行核酸提取;

2)将112个基因位点对应的扩增引物分为三个引物体系,分别为引物体系Ⅰ、引物体系Ⅱ、引物体系Ⅲ,所述引物体系Ⅰ包含49个引物对,所述引物体系Ⅱ包含35个引物对,所述引物体系Ⅲ包含36个引物对;

3)将步骤1)提取的核酸和步骤2)预混好的引物体系Ⅰ、引物体系Ⅱ、引物体系Ⅲ分别加入到反应管里面形成多重PCR反应液Ⅰ、PCR反应液Ⅱ、PCR反应液Ⅲ,进行多重PCR扩增反应;

4)扩增产物利用产物纯化试剂盒进行纯化,完成测序文库制备;

5)将步骤4)制备完成的测序文库定量后进行二代测序(NGS);

6)测序结束后,利用生物信息统计法,根据每个位点的引物进行拆分,得到每个位点对应的片段的扩增序列总条数,再统计出野生型纯合/杂合/突变纯合序列条数占对应位点扩增序列总条数的百分比,通过计算出的百分比进行基因分型判读。

2.如权利要求1所述一种儿童个体化用药基因检测方法,其特征在于:所述112个基因位点为YEATS4(rs7297610)、VKORC1(rs9923231)、UGT2B15(rs1902023)、UGT1A4(rs2011425)、UGT1A10(rs3064744)、TRIB3(rs2295490)、TPMT(rs1800584、rs1800462、rs1800460、rs1142345)、SLCO2B1(rs2306168)、SLCO1B1(rs72559745、rs4149056、rs4149015、rs2306283、rs11045879)、SLC47A2(rs12943590)、SLC28A2(rs1719247)、SCN5A(rs200034939)、SCN2A(rs2304016、rs17183814)、SCN1A(rs3812718、rs2298771)、RGS4(rs951439、rs2842030)、PTGS2(rs20417)、PTGS1(rs10306114)、PRKCA(rs16960228)、PNPLA3(rs738409)、PLA2G4A(rs12746200)、OPRM1(rs1799971)、NUDT15(rs116855232)、CREB1(rs2952768)、NAT2(rs1801280、rs1801279、rs1799931、rs1799930、rs1799929、rs1208、rs1041983)、MTRR(rs1801394)、MT-RNR1(rs267606619、rs267606618、rs267606617)、MTHFR(rs1801133)、MIR3683(rs6977967)、MC4R(rs489693)、LTC4S(rs730012)、KIF6(rs20455)、KCNJ11(rs5219)、KCNE1(rs1805128)、ITPA(rs7270101)、IFNL3(rs8099917、rs12979860)、HMGCR(rs17238540)、HLA-DQB1(rs9274407)、HELLS(rs12777823)、GP1BA(rs6065)、GNB3(rs5443)、GATM-AS1(rs1346268)、GATA3(rs3824662)、G6PD(rs1050828)、FKBP5(rs4713916)、FCER1A(rs2298805)、DRD2(rs1799978)、DOK5(rs117532069)、CYP4F2(rs2108622)、CYP3A5(rs776746)、CYP3A4(rs2740574)、CYP2D6(rs61736512、rs59421388、rs5030865、rs5030656、rs3892097、rs35742686、rs28371725、rs28371706、rs16947、rs1135840、rs1065852、rs1058164)、CYP2C9(rs9332239、rs1799853、rs1057910)、CYP2C8(rs10509681)、CYP2C19(rs4986893、rs4244285、rs28399504、rs12248560、rs11188072)、CYP1A1(rs2606345)、CXCL12(rs1801157)、CRHR2(rs7793837)、CRHR1(rs1876828)、COQ2(rs4693075)、COMT(rs4680)、COL22A1(rs6988229)、CES1(rs200707504)、C11orf65(rs11212617)、ATIC(rs4673993)、APOE(rs7412)、APOA5(rs662799)、ANKK1(rs1800497)、ADRB2(rs1042714、rs1042713)、ADIPOQ(rs2241766)、ADD1(rs4961)、ABCG2(rs2231142)、ABCC2(rs717620)、ABCC1(rs119774)、ABCB1(rs2032582、rs1045642);上述112个基因位点依次命名为PG1-PG112。

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