[发明专利]基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法及其应用在审
| 申请号： | 202010559760.1 | 申请日： | 2020-06-18 |
| 公开（公告）号： | CN113899820A | 公开（公告）日： | 2022-01-07 |
| 发明（设计）人： | 黄飞娟;吴正治;黄东娜;蔡元哲;刘展艳;从文娟;杨世伟;张玉;李光熙 | 申请（专利权）人： | 深圳市未美医疗科技有限公司;深圳市第二人民医院(深圳市转化医学研究院) |
| 主分类号： | G01N30/02 | 分类号： | G01N30/02;G01N30/06;G01N30/72;G01N30/86;G01N33/68;G01N27/62;C12Q1/40 |
| 代理公司： | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人： | 潘登 |
| 地址： | 518000 广东省深圳市龙华区观澜街*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 基于 技术 发现 胃癌 多肽 生物 标志 一种 快捷 筛选 方法 及其 应用 | ||
1.基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括如下步骤：
(1)取胃癌患者临床唾液样本和健康人临床唾液样本，对其进行高通量一步法多肽提取；
(2)对步骤(1)提取到的多肽样本进行多肽谱峰分析；
(3)将步骤(2)得到的多肽谱峰分析结果进行统计分析，得到显著差异肽峰；
(4)建立及验证胃癌诊断小组，筛选出AUC值大于0.5的诊断小组，即为所述胃癌生物标志物。
2.如权利要求1所述的基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法，其特征在于，步骤(4)所述建立及验证肿瘤诊断小组，其方法包括如下步骤：
采用CFS算法选择最优肽峰组合同时根据各峰值间隔选取显著差异肽峰的组合，将其分别形成诊断小组，然后用KNN算法建立诊断小组模型并计算各诊断小组的准确度、特异度、敏感度和AUC值，筛选出AUC值大于0.5的诊断小组，优选AUC值大于0.7的诊断小组，进一步优选AUC值最大的诊断小组即最佳诊断组，作为所述胃癌生物标志物。
3.如权利要求2所述的基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法，其特征在于，所述用KNN算法计算各诊断小组的准确度、特异度、敏感度和AUC值时将所有样本数据随机分为训练集和验证集，训练集与验证集的份额比为3:1。
4.如权利要求1所述的基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法，其特征在于，所述筛选出诊断小组后还包括：采用质谱仪鉴定诊断小组中各显著差异肽峰所对应的多肽的氨基酸序列，然后使用数据库鉴定氨基酸序列所属蛋白，即为所述胃癌生物标志物；
优选地，所述质谱仪包括纳米液相色谱-电喷雾电离-串联质谱仪；
优选地，所述数据库包括Mascot 2.4.1数据库。
5.如权利要求1所述的基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法，其特征在于，步骤(1)所述多肽提取是使用蛋白磁珠试剂盒进行多肽提取；
优选地，步骤(2)所述多肽谱峰分析采用蛋白质组学基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱Clin-TOF-MS进行分析。
6.如权利要求1所述的基于质谱技术发现胃癌多肽谱生物标志物的一种无创快捷的筛选方法，其特征在于，步骤(3)还包括检测组间及组内相关系数，系数大于0.75表示试验数据的重复性和可信度良好；
优选地，步骤(3)所述显著差异肽峰是指检出率大于90％、P值小于0.05的差异肽峰。
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