[发明专利]与苏姜猪生产性状相关的SNP标记及其制备方法和应用

说明书

本发明公开了与苏姜猪生产性状相关的SNP标记，该所述SNP标记的位点选自如下位点的至少一种：(1)猪参考基因组11.1版本4号染色体第75690495位碱基（rs334240640）由C到T的位点突变；(2)猪参考基因组11.1版本4号染色体第75691055位碱基（rs326013678）由A到G的位点突变；(3)猪参考基因组11.1版本4号染色体第75693827位碱基（rs328675134）由A到G的位点突变，上述三个位点完全连锁。关联分析确定3个分子标记与苏姜猪生产性状呈显著相关，可以用于苏姜猪分子标记辅助选择育种中。

技术领域

本发明属于猪标记辅助选择(MAS)技术及遗传育种领域，涉及到3种可用于苏姜猪生产性状标记辅助选择的分子标记的制备与应用。

背景技术

随着生活水平的不断提高，人们对猪肉的需求正从数量向品质转变。中国地方猪具有产仔数高、肉质优良、耐粗饲和环境适应性强的特点，但瘦肉率低、生长速度慢、饲料转化率低。为满足人们日益增长的对优质猪肉的需求，国内掀起了利用西方猪和中国地方猪杂交培育新品种的热潮。苏姜猪的育种始于1996年，以姜曲海猪、枫泾猪为基础母本，杜洛克猪为父本，通过继代选育而成。2011年6月农业部广东种猪性能测定中心测定结果显示，苏姜猪肉质指标达到了优质猪肉的要求。2013年8月通过国家畜禽遗传资源委员会畜禽新品种审定，获得新品种证书((农01)新品种证字第22号)。

分子标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)是利用现代分子生物技术对性状的特定主效基因或数量性状基因座位进行基因分型，选留有利基因型个体。该方法适合遗传力低、表型值难以测定或测定费用高的性状，可以大大缩短世代间隔，提高选择强度，进而提高猪育种选择效率和准确性。开发与苏姜猪生产性状相关的分子标记应用于优质苏姜猪的选育，对满足人们对优质猪肉的需求，加快我国优质种猪的培育具有重要的促进作用。

多形性腺瘤基因1(PLAG1)是研究者在研究人类涎腺多形性腺瘤时首次通过定位克隆发现的。近几年研究发现PLAG1与牛的体型、胴体性状、出生体重及其他生长性状相关；在猪的生产性状的GWAS研究中，PLAG1也是候选基因之一。此外，PLAG1是IGF2的正调控因子，而IGF2在动物生长发育过程中具有重要作用。因此，PLAG1是一个影响猪生产性状的重要候选基因，其核苷酸序列中可能存在影响猪重要经济性状的有效分子标记。

发明内容

发明目的：本发明的目的在于开发可应用于苏姜猪生产性状辅助选育的分子标记，加速生产性状遗传改良进程。首先从影响猪生产性状的重要候选基因PLAG1中鉴定出潜在的可影响苏姜猪生产性状的遗传变异位点，然后建立相应遗传变异位点的简便的分子标记检测方法，并对分子标记的应用效果在苏姜猪群中进行了验证，结果表明所开发的分子标记可应用于苏姜猪体重、体长、体高、胸围、胸宽、臀宽与最后一根肋骨处活体背膘厚中至少一种性状的分子标记辅助选育。

本发明的目的可以通过以下技术方案实现：

一种与苏姜猪生产性状相关的SNP标记，所示SNP标记位于猪4号染色体上的PLAG1基因的核苷酸序列上，所示SNP标记的位点选自如下位点的至少一种：

(1)猪参考基因组11.1版本序列4号染色体序列第75690495位碱基(rs334240640)由C到T的位点突变，对应于SEQ ID NO:2所示序列中的第91为碱基处，同时对应于SEQ IDNO:1的第44504位碱基；

(2)猪参考基因组11.1版本4号染色体第75691055位碱基(rs326013678)由A到G的位点突变，对应于SEQ ID NO:2所示序列中的第651为碱基处，对应于SEQ ID NO:1所示序列中45064位碱基处；

(3)猪参考基因组11.1版本4号染色体第75693827位碱基(rs328675134)由A到G的位点突变，对应于SEQ ID NO:3所示序列中的第336位碱基处，同时对应于SEQ ID NO:1所示序列中47836位碱基。