[发明专利]一种菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法在审
申请号: | 202010576251.X | 申请日: | 2020-06-22 |
公开(公告)号: | CN111768810A | 公开(公告)日: | 2020-10-13 |
发明(设计)人: | 肖传兴;张帮周;曹曼;何剑全;陈章然;汪涵 | 申请(专利权)人: | 厦门承葛生物科技有限公司 |
主分类号: | G16B40/00 | 分类号: | G16B40/00;G16B30/00;G16B50/00;G16H50/20 |
代理公司: | 南昌金轩知识产权代理有限公司 36129 | 代理人: | 党冲 |
地址: | 361100 福建省厦门市厦门火炬高新区(*** | 国省代码: | 福建;35 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 移植 治疗 糖尿病 受体 算法 | ||
1.一种菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法,其特征在于:
包括医疗健康数据建立步骤(S1)、16S序列分析步骤(S2)、数据Meta分析构建配型模型步骤(S3)以及层次分析法供体选择步骤(S4);
首先,采取所述医疗健康数据建立步骤(S1),基于研究文献收集临床糖尿病患者和健康人体肠道菌群的数据,建立数据库;
其次,采取所述16S序列分析步骤(S2),根据不同数据的特征进行数据预处理,基于相同类型的参数进行16S序列分析,得到多个OTU及其对应的注释结果;
再次,采取所述数据Meta分析构建配型模型步骤(S3),通过Meta分析法处理研究文献数据以及16S序列分析所得数据,提取肠道菌群alpha多样性、beta多样性和菌属数据组成特征,构建糖尿病供受体配型模型;
最后,采取所述层次分析法供体选择步骤(S4),所述配型模型通过层次分析法分解特征层次结构,对供体库中供体进行打分排序,选择最优值供体,使患者获得最优供体配型。
2.根据权利要求1所述的菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法,其特征在于:
在所述16S序列分析步骤(S2)中,所述数据预处理是基于下载研究文献的描述,根据不同文献数据的参数对数据进行预处理,并记录相关参数,所述相关参数包括测序区域、DNA提取试剂盒、测序平台、引物、barcode、单双端。
3.根据权利要求1所述的菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法,其特征在于:
在所述16S序列分析步骤(S2)中,进行所述16S序列分析时,首先,对下载的研究文献数据根据分组信息以及序列长度进行分类,准备好相应的配置文件,再基于相同类型的参数进行16S序列分析,得到多个OTU及其对应的注释结果。
4.根据权利要求1所述的菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法,其特征在于:
在所述数据Meta分析构建配型模型步骤(S3)中,基于研究文献数据以及所述16S序列分析得到的OTU及其对应的注释结果数据进行Meta分析,进行异质性检验,根据异质性部分在效应总的变异中所占的比重I^2分析各个研究间存在的差异程度;
当I^250%时,认为各个研究间有比较明显的异质性,此时采用随机效应模型进行分析;
当I^2≤50%时,认为各个研究间没有较明显的异质性,此时采用固定效应模型进行分析。
5.根据权利要求4所述的菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法,其特征在于:
在所述数据Meta分析构建配型模型步骤(S3)中,基于研究文献数据以及所述16S序列分析得到的OTU及其对应的注释结果数据进行Meta分析,采用二分类变量法对研究数据的效应量进行分析计算,得出风险比RR值、比数比OR值以及风险差RD值,以分析特征变量与病患治疗效果的紧密或差异程度。
6.根据权利要求5所述的菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法,其特征在于:
在所述数据Meta分析构建配型模型步骤(S3)中,在进行异质性检验以及计算效应量之后,选择合适的效应模型进行合并,根据效应量以及P值,选择在所有研究中共有的特征构建所述配型模型。
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