[发明专利]一种基于多残基接触图协同约束的蛋白质结构预测方法

权利要求书

1.一种基于多残基接触图协同约束的蛋白质结构预测方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：

1)给定目标蛋白的序列信息；

2)根据目标蛋白序列从ROBETTA服务器上得到片段库文件，其中包括3片段库文件和9片段库文件；

3)根据目标蛋白序列，利用RaptorX-Contact服务器、ResPRE服务器、DeepMetaPSICOV服务器、NeBcon服务器得到四张contactmap，分别为contactRaptorX、contactResPRE、contactDeepMetaPSICOV和contactNeBcon；

4)设置参数：种群大小NP，算法的迭代次数G，交叉因子CR，置迭代代数g＝0；

5)种群初始化：随机片段组装生成NP个初始构象C_i，i＝{1,2，…,NP}；

6)将种群中的构象个体C_i,i∈{1,2,3,…,NP}看作目标构象个体对每个执行以下操作生成变异构象

6.1)在1到NP范围内随机生成正整数n1,n2,n3，且n1≠n2≠n3≠i；

6.2)在构象C_n1位置上随机选取一个9片段替换构象C_n3的相同位置所对应的片段，再从构象C_n2位置上随机的选取一个与构象C_n1选取位置不相同的9片段替换构象C_n3的相同位置所对应的片段，然后对构象C_n3进行3片段组装生成变异构象个体

7)对变异构象i∈{1,2,3,…,NP}执行交叉操作生成测试构象

7.1)生成随机数rand1，其中rand1∈(0,1)；

7.2)若随机数rand1≤CR，则从目标构象中随机选择一个3片段替换到变异构象的相应位置,否则变异构象不变；

8)对每个目标构象和测试构象进行选择操作；

8.1)用Rosetta score3能量函数分别计算和的能量：和

8.2)若则构象被拒绝，否则继续执行步骤8.3)；

8.3)首先，把和的L×L二维contactmap分别转化为长度为L×L的一维向量和把contactRaptorX、contactResPRE、contactDeepMetaPSICOV和contactNeBcon转化为4个长度为L×L的一维向量和其中L为蛋白质序列的长度；然后分别计算和与余弦相似度并求和得到和计算方法如下：

8.4)若则构象替换构象且转到步骤9)；

9)g＝g+1，迭代运行步骤6)～8)，至gG为止；

10)输出结果。