[发明专利]一种基因可变剪切分析方法

说明书

本申请适用于生物信息技术领域，提供了一种基因可变剪切分析方法，所述方法包括：获取待分析的第一原始测序数据；对第一原始测序数据进行数据预处理操作，得到数据预处理后的第一清洁数据；对第一清洁数据进行质量检测，若第一质量结果为质量合格，则获取参考基因组及参考基因组的基因注释文件；将第一清洁数据与参考基因组进行序列比对，得到第一序列比对结果；根据参考基因组的基因注释文件，对第一序列比对结果进行分析处理，得到第一目标样品的可变剪切分析结果。本申请实施例实现了对成熟转录本可变剪切情况的分析，以及特定条件下转录本的差异可变剪切的分析。

技术领域

本申请属于生物信息技术领域，尤其涉及基于转录组测序的基因可变剪切分析方法。

背景技术

转录本是由一个基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的信使核糖核酸(messengerRibonucleic Acid，mRNA)。

目前，在对转录本进行研究时，往往会采用基因测序技术。基因测序技术是一种基因检测技术，正在快速发展，并且已发展到第四代测序技术。综合考虑材料来源、研究成本等因素，研究人员往往会使用二代测序技术。

二代测序技术主要分为三种类型，即，使用Illumina's Solexa platform、RocheApplied Science’s 454system和Applied Biosystems’s SOLiD platform三种不同的平台进行测序。其中，Illumina(Illumina's Solexa platform)二代测序技术测序通量高，成本低，使用最为广泛。

具体的，Illumina(Illumina's Solexa platform)二代测序技术是通过在提取样品的成熟转录本之后，将成熟转录本反转录得到cDNA单链，然后，合成cDNA另一条链得到cDNA。接着，为cDNA添加测序接头(Adapter)，并对成功添加测序接头的cDNA利用聚合酶链式反应(PCR)进行扩增，扩增后即可进行测序，得到原始数据(Raw Data)。此时，研究人员即可根据自己的研究目的对原始数据进行针对性的分析。

同一个基因的转录本经过不同的内含子剪切方式可能形成不同的成熟转录本，这一过程被称为可变剪切(Alternative Splicing，AS)。而具有生物学重复，但在不同条件下进行处理得到的不同样品，其出现的可变剪切可能并不相同，该过程则称为差异可变剪切。

由于各种生物胁迫(如病原菌的侵染)和非生物胁迫(如干旱、高温等)严重影响和威胁了植物的整个生长发育过程，植物在长期进化过程中建立了一系列适应各种生物和非生物胁迫的机制。可变剪切即是在转录后对植物发育和逆境胁迫响应进行调控，极大地增加了转录组和蛋白质组的复杂性，是植物调控其基因互作网络的分子机制之一。

因此，可变剪切是调节基因表达和产生蛋白组多样性的重要原因，也是导致真核生物基因与蛋白质数量差异效果的主要原因，具有极高的研究价值。

现有的技术中并未具体公开如何进行可变剪切分析，因而需要一种基因可变剪切分析方法，以实现对成熟转录本的可变剪切情况的分析。

发明内容

本申请实施例提供一种基因可变剪切分析方法，可以实现对成熟转录本可变剪切情况的分析，以及差异可变剪切位点的挖掘。

本申请实施例第一方面提供一种基因可变剪切分析方法，所述方法包括：

获取待分析的第一原始测序数据，所述第一原始测序数据为第一目标样品的第一成熟转录本通过反转录得到的cDNA经由Illumina二代测序技术测序得到的数据；

对所述第一原始测序数据进行数据预处理操作，得到数据预处理后的第一清洁数据；

对所述第一清洁数据进行质量检测，得到所述第一清洁数据的第一质量结果；