[发明专利]青虾雌性特异分子标记及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了青虾雌性特异分子标记及其筛选方法和应用，所述分子标记序列为SEQ ID NO:1‑2，具体为：SEQ ID NO:1，CCTGCGAATGTTTGGAACCC；SEQ ID NO:2，AAATCACCCTGGCGTCACAA。与现有技术相比，本发明具有以下优点：(1)本发明所述分子标记能够100％鉴定青虾的性别；(2)所述标记具有操作简便、快速、准确、成本低等优点。

技术领域

本发明属于分子遗传育种技术领域，涉及分子标记辅助育种，具体为青虾雌性特异分子标记及其筛选方法和应用。

背景技术

雄性青虾的个体大小以及生长速度显著优于雌性青虾，所以青虾育种的长期目标是生产全雄群体。青虾目前性别鉴定的方法主要是依据其形态特征，雌性青虾与雄性青虾在其步足处存在着显著的差异，当青虾长至2厘米后，可根据其步足形态确定其性别。该方法鉴定青虾性别受限于个体的发育阶段，且不适合针对大型样本进行快速鉴定。

中国专利申请CN106947827A公开了一种获得鳙性别特异分子标记及其筛选方法和应用，所述方法结合简化基因组测序技术筛选出能够特异性鉴定鳙性别的分子标记。该现有技术的方法仅仅通过简单的PCR和电泳结果就能够进行性别鉴定，且该方法不受个体发育时期、环境的影响，从而克服其他方法操作的繁琐、耗时长等缺点，适合于对大样本进行快速鉴定。

与鳙相比，青虾的基因组达到4.5G，是其它水产物种的2-3倍，显著高于鱼类基因组。因此，获得高质量的青虾全基因组非常困难，且目前尚未有公开的青虾全基因组序列。另外，筛选青虾雌雄差异片段过程的难度要显著高于鱼类。

发明内容

解决的技术问题：为了克服现有技术的不足，筛选一种特异性的鉴定青虾雌性个体的分子标记，以获取全雄群体，鉴于此，本发明提供了青虾雌性特异分子标记及其筛选方法和应用。

技术方案：青虾雌性特异分子标记，所述分子标记序列为SEQ ID NO:1-2，具体为：

SEQ ID NO:1，CCTGCGAATGTTTGGAACCC；

SEQ ID NO:2，AAATCACCCTGGCGTCACAA。

以上所述青虾雌性特异分子标记的筛选方法，所述方法包括以下步骤：

S1、分别对雄性青虾和雌性青虾进行全基因组测序，测序深度至少达到10×；

S2、以雄性青虾基因组为模板，对雌性青虾基因组进行拼接，通过与雄性青虾基因组对比，筛选雌性青虾特异长片段序列；

S3、针对雌性青虾特异长片段序列，设计雌性特异引物，并分别在雄青虾和雌青虾中进行验证，筛选出能够100％鉴定雌性青虾的特异分子标记。

优选的，S2中雌性青虾特异长片段序列为SEQ ID NO:3。具体为：