[发明专利]一种提高猪生长速度的连锁分子标记、其检测方法及应用

说明书

本发明为猪育种与猪的分子标记辅助选择领域，具体涉及一种提高猪生长速度的连锁分子标记、其检测方法及应用，所述分子标记为IGFBP3基因5'侧翼区存在逆转录转座子SINE或LINE的插入。本发明可快速检测基因型选择具有优良生长性状的个体，可有效提高生产效益。

技术领域

本发明涉及猪育种与猪的分子标记辅助选择领域，具体涉及一种与猪生长速度关联的IGFBP3基因5'侧翼区SINE与LINE转座子连锁插入多态的鉴定与应用。

背景技术

伴随着分子生物学技术的发展，各类型分子标记的问世为猪品种改良提供了新的途径。分子标记辅助选择技术(MAS)可以通过精准选择目标性状提高育种效率，加速了猪育种工作进程。从SSCP，RAPD，AFLP，RFLP到SNP到目前的GS，育种工作人员发现不仅单核苷酸突变会引起性状及表型连锁的改变，转座子插入或缺失造成的多态同样会引起性状及表型连锁的改变。

转座子是由Mc.Clintock于20世纪40年代在玉米染色体中发现，随后发现在生物基因组中广泛存在，是一类在基因组上可以自由跳跃(复制或移位)的移动DNA序列。转座子因其特殊的结构能在寄主的基因组中复制、移动，不仅促进了物种间基因组的分化，而且还产生了物种内丰富的遗传多样性，对物种、品种、亚种、品系形成发挥了重要作用。

在猪的基因组中，反转录转座子占猪基因组中的37.1％，占重复序列91.49％。由于转座子在基因组中的高覆盖率以及它们具有移动的能力，从而认为转座子是基因组结构变异的重要贡献者，并可能在多个水平上影响宿主基因的活性。已有超过100种反转录转座子插入导致了人类遗传疾病的报道。在动物身上已经观察到许多由转座子插入引起的表型变化。

反转录转座子插入多态(Retrotransposon insertion polymorphism，RIP)揭示的是一个位点上的不同等位状态(即转座子的插入和缺失)，产生共显性标记。这种标记可以对特定位点有无转座子的插入进行检测，只需基因组为模板，不需要酶切、加接头等处理，利于自动化操作，特别适合大量样品的分析。TIP分子标记具有理想分子标记的诸多优点：如多态性高、共显性、基因组分布广泛、检测手段简单快速、重复性好和开发成本低等，同时检测结果带型特定、清楚便于判定，具有很高的应用价值。可应用于猪的分子辅助育种以及遗传进化分析等方面的研究。

胰岛素生长因子结合蛋白(Insulin like Growth Factor Binding Proteins，IGFBPs)是一组与胰岛素样生长因子(Insulin-like growth factor，IGF)有高度亲和力的蛋白质，在调节IGFs生理效应中起重要作用。除此之外，IGFBPs还可以发挥独立于IGF分子网络的作用。它们以高亲和力结合IGF-I和IGF-II。在循环中IGFBPs作为转运蛋白并调控IGFs的浓度、运输和半衰期(Jones and Clemmons et al.,Insulin-like growth factorsand their binding proteins.1995)。IGFBPs结合了超过99％的血液中的IGFs。IGFBP3属于IGFBPs家族中的一员，IGFBP3在血液循环中所占IGFBPs的比例高达60％。有研究表明IGFBP3可能与基因转录相关。也有过研究称，敲除小鼠的IGFBP3基因表现出减弱的出生后生长和增强葡萄糖代谢，这种敲除鼠的股四头肌也显著减小。IGFBPs通过与IGFs的受体的竞争作用，还通过独立于IGFs调节网络的作用可直接影响到猪的生长生产发生变化。本实验室在研究中发现猪IGFBP3基因5'侧翼区存在两个逆转录转座子插入引起的多态，完整的SINE(266bp)转座子和小片段LINE(159bp)转座子片段连锁插入多态。通过关联分析证实其与猪生长性状存在显著关联，是一个有育种价值的分子标记。

发明内容