[发明专利]棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.D04区间的分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种棉花纤维伸长率主效QTL qFE‑chr.D04区间的分子标记及应用。所述分子标记为SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.66所示核苷酸中之一个或多个，导致纤维伸长率出现多态性。本发明提供的与陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记可以用于棉花纤维伸长率性状的早期预测和筛选，还可以用于棉纤维伸长率分子标记辅助育种。本方法主要通过直接检测DNA，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可应用，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.D04区间的分子标记及应用。

背景技术

棉纤维是一种优良的天然纤维，也是纺织工业的主导原料，在世界及我国国民经济中占有重要地位。纤维品质是多基因控制的复杂数量性状，组成因子包括：纤维长度、强度、细度、伸长率、整齐度、成熟度等。棉纤维品质的表型值除了受品种的遗传因素控制外，还受多种环境因素以及品种与环境交互作用的综合影响。陆地棉纤维伸长率也是纤维品质中的重要指标之一，棉纤维的断裂伸长率是指纤维拉伸至断裂时的伸长与原长的比值的百分率。棉纤维的伸长率越大，表示棉纤维的变形能力越好、刚性越差。棉纤维伸长率的表型变异主要来源于品种效应、环境效应以及品种与环境的互作效应。多个研究已经证明，纤维伸长率与纤维长度和强度存在显著的相关关系，因此深入研究纤维伸长率对理解棉纤维长度和强度形成的机制具有重要的参考意义。

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是应用基因组中众多的单核苷酸多态性(Single nucleotide ploymorphism，SNP)为遗传标记，与纤维伸长率等表型进行全基因组水平上的相关性分析，进而发现影响复杂性状的基因变异，是一种新的技术手段。

SNP(单核苷酸多态性)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP作为一种重要的遗传学工具，具有分布广泛、数量众多、易于批量检测等优点，同时也是功能基因组学研究的重点对象。SNP适于复杂性状的遗传分析，引起群体差异的基因识别等方面的研究，对于植物高密度遗传图谱的构建、新基因的克隆及功能研究等具有十分重要的作用。陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记，在陆地棉的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否影响，不用分析片段的长度，只需+/-的分析，适于快速、规模化、自动化筛查，可以用于陆地棉纤维伸长率的早期预测和筛选。因此，本发明提供了与陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记及应用。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与陆地棉纤维伸长率主效QTL连锁的分子标记，以解决常规育种对纤维伸长率的改良进展较慢的问题。

为了克服传统育种中表型选择准确性差、效率低、周期长、成本高等许多缺点，以及解决纤维伸长率等品质性状育种进展缓慢的问题。本发明以1245份陆地棉品种的自然群体多年、多重复的表型数据和基因型数据做GWAS数据关联分析，发现纤维伸长率主效QTLqFE-chr.D04位于D基因组第4号染色体的D04_52385943～D04_52505321区间。

本发明的另一目的在于提供一种棉花纤维伸长率主效QTLqFE-chr.D04的应用，该QTL qFE-chr.D04位于陆地棉基因组中，因而能够用于棉花纤维伸长率性状的相关研究。

本发明具体通过以下技术方案实现：

一种与陆地棉纤维伸长率主效QTL连锁的分子标记，所述的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.66任一所示。其SNP位点位于核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.66任一所示的第51位碱基。

所述的分子标记发生突变的等位基因如表1所示：

表1与陆地棉纤维伸长率相关的SNP标记