[发明专利]一种用于检测水稻碱消值的分子标记及检测方法

说明书

本发明公开了一种用于检测水稻碱消值的分子标记及检测方法。该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～2和/或SEQ ID NO.3～4所示。本发明研究发现位于4329/4330bp的功能SNP位点GC/TT以及位于启动子区域‑741bp处9个碱基缺失与碱消值相关，会影响支链淀粉的侧链结构，因此获得最优的ALK等位基因，开发快速、准确、检测成本低的功能标记是开展碱消值分子设计育种的重要保障和途径。

技术领域

本发明属于植物生物技术领域，具体涉及一种用于检测水稻碱消值的分子标记及检测方法。

背景技术

水稻是世界上最重要的三大粮食作物之一，是全球一半以上人口赖以生存的基本食粮。然而随着经济的发展，城镇化进程的持续推进，我国国民生活水平的不断改善，消费者对稻米品质的要求也与日俱增。水稻品质改良育种是适应当前市场的迫切需求，已经成为最主要的育种改良目标之一。根据农业农村部颁布的米质评价标准，主要包括糙米率、整精米率、垩白度、透明度、碱消值、胶稠度、支链淀粉。碱消值已经是仅次于垩白度的评价水稻品质的重要指标，直接与蒸煮食味品质相关，低碱消值是限制优质杂交水稻选育的重要限制因素(Gao et al.2003,Gao et al.2011,Yu et al.2011)。碱消值是由一个主效基因控制，多个微效基因共同调控的复性状。在水稻育种选育过程中，难以通过常规的方法进行选择，而且其测定方法较为复杂。而现有分子标记筛选方法则是存在成本高，特异性较差的问题。

通过优良种质资源筛选与鉴定，设计目标基因优良单倍体型的功能标记，在较早世代开展分子标记选择，鉴定不同的等位基因型，有利于开展稻米品质改良育种。因此，亟需设计一种特异性好，且成本低的筛选方法。

发明内容

针对现有技术中的上述不足，本发明提供一种用于检测水稻碱消值的分子标记及检测方法，本申请通过对片段代换系群体的大量筛选，获得了一个水稻碱消值优异的资源材料及其ALK等位基因的分子标记方法。

为实现上述目的，本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：

一种用于检测水稻碱消值的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～2和/或SEQID NO.3～4所示，具体序列如下：

ZT125F：ACTAGCGACTATGGTTTGTG；(SEQ ID NO.1)

ZT125R：ATACAGGTAGAATGGCAGTG；(SEQ ID NO.2)

ZT140F：GAGCCGTGCGGCCTCAACCA；(SEQ ID NO.3)

ZT140R：CCTGCGACATGCCGCGCACCTGGAT；(SEQ ID NO.4)

其中，ZT125F/R用于鉴定启动子区域-741bp处9个碱基缺失差异；ZT140F/R用于鉴定第8外显子4329/4330bp处的功能位点GC/TT差异。可以以ZT125F/R或ZT140F/R单独作为分子标记，也可以将两者结合起来一同作为分子标记使用。

一种检测水稻碱消值的分子标记方法，包括以下步骤：

(1)采用CTAB法提取待测水稻DNA；

(2)用权利要求2所述引物对水稻DNA进行PCR扩增，分别获得包含ALK基因启动子和第8外显子的相应片段；

(3)酶切含有第8外显子的扩增产物，然后分别对酶切产物和包含ALK基因启动子的扩增产物进行电泳检测，经条带分析辨别对应水稻材料ALK基因型。

进一步地，PCR反应体系为10μL 2×PCR mix、2μL 10mM前引物、2μL 10mM后引物、2μL模板DNA，4μL ddH₂O。