[发明专利]一种红鳍东方鲀大规格苗种快速生长相关的SNP位点及其应用

说明书

本发明提供一种红鳍东方鲀的快速生长相关的SNP位点及可降低选种成本并确保子代性状良好的苗种筛选应用，所述的SNP位点位于核苷酸序列SEQ ID NO：1的第162位，其碱基为C或G。本发明提供的SNP位点可用于选育具有快速生长潜力的红鳍东方鲀个体。本发明通过分析等位SNP位点基因型与红鳍东方鲀生长性状的相关性，发现红鳍东方鲀核苷酸序列SEQ ID NO：1的162碱基处存在与生长性状相关的SNP位点，基因型为CC纯合型个体的体重、体长显著高于GG基因型个体生长性状的表型值(p0.05)。并通过SSCP技术筛选，通过差异的电泳带型可筛选出基因型为CC的优良个体。因此，生产中可使用此方法，筛选该位点基因型为CC型个体作为亲本进行培育及大规格苗种的规模化养殖。

技术领域

本发明属于鱼类遗传选育技术领域，具体涉及一种红鳍东方鲀大规格苗种快速生长相关的SNP位点及其应用。

背景技术

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)属鲀形目(Telraodontiformes)，东方鲀属(Fugu)，以日本沿海为主要分布中心，在我国沿海自然数量较少；且其野生群体因受海洋污染等因素在缩减，故此其每年的捕捞量在逐渐减少。红鳍东方鲀肉质细腻，味道鲜美，蛋白质含量高，素有“鱼类之王”的美称。虽然红鳍东方鲀系有毒鱼类，其肝脏及卵巢等组织所含的毒素是很强烈的神经毒，然而其毒素制剂可以在临床上用于治疗关节炎、风湿痛、头痛等。因此，此种鱼类具有较高的综合利用价值。目前红鳍东方鲀自然资源量下降严重，养殖规模虽然逐渐增大，但在人工养殖过程中出现了种质退化现象。因此，选育出有优良生长性状的红鳍东方鲀品种是非常有必要的。

分子标记辅助育种是快速获得理想家系、品系或品种的现代生物育种的理想方法之一。

发明内容

本发明的目的是提供一种红鳍东方鲀快速生长相关的SNP位点与应用，即一种与红鳍东方鲀体重、体长生长性状相关的SNP位点，并用于选育具有快速生长性状的红鳍东方鲀，从而弥补现有技术的不足。

本发明首先提供一种与红鳍东方鲀生长性状相关的SNP位点，所述的位点位于序列为SEQ ID NO：1的核苷酸片段的第162位，其碱基为C或G；

本发明提供的SNP位点用于选育具有快速生长潜力的红鳍东方鲀个体。

本发明另一个方面提供一种筛选具有快速生长潜力的红鳍东方鲀个体的方法，是通过检测上述的SNP位点来实现的；

所述的方法，是通过PCR-SSCP分析检测红鳍东方鲀个体，PCR产物进行SSCP分析后确定待检测的个体是否具有快速生长潜力；

所述的PCR扩增方法，其中所使用的引物的序列信息如下：

F:5’-GATGAAGTCAAAGGTGACCTGG-3’(SEQ ID NO：2)，

R:5’-ACAGAGGTGGATCCCTCCAC-3’(SEQ ID NO:3)；

所述的PCR-SSCP分析，是确定SNP位点的基因型分型，其中基因型为CC纯合型个体的体重、体长显著高于GG基因型个体生长性状的表型值(p0.05)。

本发明通过分析位点基因型与红鳍东方鲀生长性状的相关性，发现红鳍东方鲀核苷酸序列SEQ ID NO：1的第162bp处碱基存在与生长性状相关的SNP位点，基因型为CC纯合型个体的体重、体长显著高于GG基因型个体生长性状的表型值(p0.05)，并通过PCR-SSCP法可快速鉴定对应性状。因此，生产中可优先选择该位点基因型为CC型个体作为亲本进行规模养殖。

附图说明

图1：本发明SNP标记位点处CC、GG两种基因型的测序峰图。

图2：本发明PCR-SSCP法检测核苷酸序列SEQ ID NO：1的聚丙烯酰胺凝胶电泳图，其中泳道1,2:CG型；泳道3:GG型；泳道4,5:CC型。