[发明专利]一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内SINE转座子多态分子标记及其检测方法

说明书

本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，具体涉及一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自ZNF2基因，SEQ ID NO:1序列的251到564位点存在一个正向SINE转座子的插入多态。本发明的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记可用于猪个体的选育(背膘厚性状)，也可在配种时提供分子依据。该新的分子标记将有力的辅助背膘厚性状的选育，加快育种进度，减少育种成本，提高经济效益。本发明的ZNF2基因内SINE转座子插入多态为筛选猪的背膘厚提供了一个新的分子标记。

技术领域

本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，具体涉及一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法。

背景技术

逆转录转座子广泛分布于哺乳动物的基因组中，占基因组序列的40％-50％，且在基因组上具备较强的移动能力，同时在基因中普遍存在插入或缺失状态，为开发逆转录转座子分子标记提供了生物学基础。很多研究表明基因中逆转录转座子的插入或缺失会影响该基因的生物学活性，例如在人体中L1插入凝血因子VIII基因导致了人类的血友病(Kazazian HH et al.1988)以及ERV插入APOB基因(载脂蛋白B)导致了人体胆固醇缺乏症(Schütz E et al.2016)；在动物中SINE插入马的MSTN基因(肌肉生长抑制素)并抑制了其表达，从而促进了马的骨骼肌生长(Rooney MF et al.2018)。

逆转录转座子插入多态(Retrotransposons insertion polymorphism，RIP)是指在同源染色体的相同位置上逆转录转座子存在不同的插入或缺失状态，使该位点存在不同的基因型，产生共显性标记。操作上仅需在逆转录转座子插入位置的上下游设计正反向引物，然后以个体基因组DNA为模板进行PCR检测。RIP相比较于其他分子标记具有操作简单；成本低廉；共显性；适合大群体的批量分析及多态性高等优点，具有良好的商业应用价值，主要表现在RIP分子标记可辅助猪的育种和配种工作，加快育种进程。

在猪场生产育种过程中，背膘厚是配种育种过程中需要优先考量的一个重要性状，与瘦肉率高度相关。锌指蛋白2基因(ZNF2)与动物机体免疫相关并且在甲状旁腺等多器官发育过程起着重要的作用。此外有研究表明过表达的ZNF2能够在小鼠体内驱动新生隐球菌的菌丝形成，进而造成新生隐球菌毒力的完全丧失(Linqi Wang et al.2012)对机体免疫构成影响。但目前对ZNF2基因中是否存在逆转录转座子插入多态位点及该多态位点对背膘厚的影响未见报道，本发明结合课题组已有的转座子插入多态分子标记挖掘技术，通过在12个猪品种中进行PCR检测，最终在ZNF2基因中找到一个SINE转座子的插入多态位点，再在459个大白猪个体中进行PCR检测并与大白猪群体的生产性能数据关联分析后发现此分子标记与猪的校正背膘厚呈显著性相关。

发明内容

本发明的目的在于提供一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法，通过挖掘获取与猪背膘厚相关的逆转录转座子插入多态分子标记，再将该标记应用于猪的背膘厚性状的选育中，以加快育种进度。

本发明的的技术方案如下：

一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自ZNF2基因(GENE ID:100620765，NCBI)，SEQ IDNO:1序列的251到564位点存在一个正向SINE转座子的插入多态，该位点的SINE多态存在插入或缺失状态。

所述的ZNF2基因内SINE转座子多态分子标记位点在ZNF2基因(Gene ID:100620765，NCBI)的第1486到1799位。

一种与猪背膘厚关联的ZNF2基因内SINE转座子多态分子标记的检测方法，包括以下步骤：