[发明专利]一种多组学数据集间关联分析的集成系统和方法在审
申请号: | 202010694533.X | 申请日: | 2020-07-17 |
公开(公告)号: | CN111863136A | 公开(公告)日: | 2020-10-30 |
发明(设计)人: | 贾伟;陈天璐;梁丹丹;孙涛 | 申请(专利权)人: | 上海市第六人民医院 |
主分类号: | G16B40/00 | 分类号: | G16B40/00;G16B45/00;G16B50/00 |
代理公司: | 上海申新律师事务所 31272 | 代理人: | 吴轶淳 |
地址: | 200233 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 多组学 数据 关联 分析 集成 系统 方法 | ||
1.一种多组学数据集间关联分析的集成系统,其特征在于,包括一服务器(12),所述服务器连接一多组学与表型数据库(13),所述多组学与表型数据库(13)用于保存多种类型的组学原始数据、表型原始数据和对应的协变量数据;所述服务器(12)具体包括:
数据处理模块(14),用于对每一种类型的所述组学原始数据进行处理得到与所述组学原始数据的类型对应的组学数据文件,每一种类型的所述组学数据文件包括以行列式排布的多个相应的组学变量;用于获取所述表型原始数据并处理得到表型数据文件,所述表型数据文件包括以行列形式排布的多个表型变量;
待分析数据生成模块(7),与所述数据处理模块(14)连接,所述待分析数据生成模块(7)具体包括:
指令接收单元(71),用于接收外部输入的组学单维相关分析指令、组学多维相关分析指令或组学与表型相关分析指令;
协变量判断单元(78),与所述指令接收单元(71)连接,用于判断所述组学单维相关分析指令、组学多维相关分析指令或组学与表型相关分析指令是否有加载协变量;
组学单维数据对生成单元(72),连接所述指令接收单元(71),用于根据所述组学单维相关分析指令,将多种类型的所述组学数据文件的所述组学变量中的两类组学变量加入一变量集合,并将所述变量集合中的各个所述组学变量进行两两组合生成多个组学单维数据对;
组学数据降维单元(73),连接所述指令接收单元(71),用于根据所述组学多维相关分析指令和组学与表型相关分析指令,将每一种类型的所述组学数据文件中的所述组学变量进行降维处理得到与该种类型相对应的多个组合变量,每一个所述组合变量由每一种类型的所述组学数据文件中的部分或者全部所述组学变量通过加权求和方式得到;
表型判断单元(76),与所述指令接收单元(71)连接,用于判断所述组学多维相关分析指令是否加载有表型;
筛选单元(77),分别与所述表型判断单元(76)、组学数据降维单元(73)和所述协变量判断单元(74)连接,用于当组学多维相关分析指令存在所述表型且不存在协变量时,采用斯皮尔曼相关分析法筛选出与所述表型显著相关的所述组合变量;当组学多维相关分析指令存在所述表型且存在协变量时,采用斯皮尔曼偏相关分析法筛选出与所述表型显著相关的所述组合变量;
组合变量数据对生成单元(74),连接所述组学数据降维单元(73),用于将筛选出与所述表型显著相关的一种类型的所述组合变量分别和筛选出与所述表型显著相关的另一种类型的所述组合变量进行两两组合生成多个所述组合变量数据对;
组学与表型数据对生成单元(75),连接所述组学数据降维单元(73),用于将所述组学数据降维单元(73)中进行降维后的多种类型的各所述组合变量分别与所述表型数据文件进行两两组合生成多个组学与表型数据对;
组学间单维分析模块(8),连接所述待分析数据生成模块(7),用于对各所述组学单维数据对进行相关分析得到各所述组学单维数据对的第一相关关系和对应的第一相关性参数的第一相关分析结果并输出;
组学间多维分析模块(9),连接所述待分析数据生成模块(7),用于对各所述组合变量数据对进行相关分析得到所述各组合变量数据对的第二相关关系和对应的第二相关性参数的第二相关分析结果并输出;
组学与表型间分析模块(10),连接所述待分析数据生成模块(7),用于对各所述组学与表型数据对进行相关分析得到各所述组学与表型数据对的第三相关关系和对应的第三相关性参数的第三相关分析结果并输出。
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