[发明专利]一种苜蓿黄萎病菌的溯源检测方法及应用

权利要求书

1.一种苜蓿黄萎病菌的溯源检测方法，其特征在于：包括比对排列步骤和溯源判断步骤；

所述比对排列步骤包括，采用比对软件将待溯源对象的基因片段序列比对排列到苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件中，并采用系统进化树构建软件构建分子系统进化树；

所述溯源判断步骤包括，根据待溯源对象的基因片段序列在系统进化树上与苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件中已溯源的菌株序列的分支聚集结果，判断待溯源对象的溯源信息；

所述苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件包含苜蓿黄萎病菌的基因片段序列信息以及各基因片段序列对应的苜蓿黄萎病菌菌株的溯源信息；

所述溯源判断步骤，具体包括，

如果待溯源对象的基因片段序列与已溯源的菌株序列聚为一支，且重复率为100％，即判定待溯源对象与已溯源的菌株具有相同的溯源信息；

如果待溯源对象的基因片段序列未与苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件中的任一已溯源的菌株序列聚为一支，则进一步进行网络进化分析；

所述网络进化分析包括，采用网络进化分析软件将待溯源对象的基因片段序列与苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件中的所有已溯源的菌株序列一起进行网络构建；在构建的网络进化图中寻找待溯源对象的基因片段序列的进化分支起源点和方向，确认突变衍化历史；

如果待溯源对象的基因片段序列所在的分支起源点具有其它已溯源的菌株序列的方向分支，并且这些其它已溯源的菌株序列的方向分支的溯源信息具有相关性，则判断待溯源对象的溯源信息与已溯源的菌株的溯源信息具有相关性；如果待溯源对象的基因片段序列所在的分支起源点没有其它方向分支，或各方向分支之间没有相关性，则无法判断待溯源对象的溯源信息。

2.根据权利要求1所述的溯源检测方法，其特征在于：所述溯源信息包括来源地信息和寄主信息。

3.根据权利要求1所述的溯源检测方法，其特征在于：所述比对软件为Mega软件。

4.根据权利要求1所述的溯源检测方法，其特征在于：所述系统进化树构建软件基于Neighbor-joining Tree构建分子系统进化树，Phylogeny Test选择Bootstrap1000replicates。

5.根据权利要求1所述的溯源检测方法，其特征在于：所述网络进化分析软件为DnaSP软件或Network软件。

6.根据权利要求1-5任一项所述的溯源检测方法，其特征在于：所述苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件采用以下方法构建获得，

获取苜蓿黄萎病菌的所有核酸序列及其备注信息，根据核酸序列所在的基因片段进行分类，根据所有核酸序列分析各基因片段的种内遗传距离，结合种内遗传距离和核酸序列备注信息筛选用于苜蓿黄萎病菌溯源的基因片段；

对筛选的用于苜蓿黄萎病菌溯源的基因片段的所有核酸序列进行聚类分析和筛选，选择有效的、具有种内差异的，且溯源信息完整的核酸序列组成待分析核酸序列库；

对待分析核酸序列库中的所有核酸序列分别进行系统进化分析、主成分分析、群体遗传结构分析；并对筛选的用于苜蓿黄萎病菌溯源的基因片段的SNP位点进行基于SNP的群体遗传分析和基于SNP的系统进化树分析；根据分析结果，将待分析核酸序列库中的所有核酸序列按照溯源信息进行分类排列，即获得所述苜蓿黄萎病菌溯源序列排列文件。