[发明专利]一种生物学亲缘关系的鉴定方法

说明书

本发明公开了一种生物学亲缘关系的鉴定方法，包括如下步骤：(a)获得待检物种的参考基因组信息，记为Ref；(b)获得待检样本P1和P2的每个多态性位点的变异类型并统计每个多态性位点上的变异类出现次数的分布；(c)按照式I计算待检样本P1和P2的亲缘关系值：(d)获取不同亲缘关系的亲缘关系值：(e)将待检样本P1和P2的亲缘关系值分别与不同亲缘关系样本组的亲缘关系值按照式II进行T检验，得到不同亲缘关系的置信区间；(f)待检样本P1和P2亲缘关系的确定；该鉴定方法中待检样本处理简单，成本低，效率高、准确率的特点；并适用于具有大型基因组的有性繁殖物种，适应范围广。

技术领域

本发明涉及亲缘关系鉴定技术领域，具体涉及一种生物学亲缘关系的鉴定方法。

背景技术

亲缘关系鉴定是指依照遗传学基本原理，采用现当代化DNA分型检测技术综合评定样本之间是否存在亲缘关系，个体的差异最终是由于遗传物质(核酸)的差异造成的。

现有的个体识别方法包括：

公安和司法体系下是以STR这种变异来进行人的个体识别的；获得个体的DNA样本，对DNA样本的特定STR位点进行长度多态性分型，根据个体在STR位点的分型结果对个体进行区分和识别，通常选取20～30个个体之间有多态性的STR位点。

采用SNP(或Indel)作为个体识别标识，获得个体的DNA样本，对每个SNP(或Indel)位点进行分型，根据分型结果对个体进行区分和识别。

然而，现有方法存在前期处理过程复杂，检测成本较高的问题。

发明内容

针对现有技术中的缺陷，本发明提供一种生物学亲缘关系的鉴定方法，该鉴定方法前期处理简单、鉴定成本较低；此外，该鉴定方法适用于具有大型基因组的有性繁殖物种，适应范围广。

为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：

本发明提供一种生物学亲缘关系的鉴定方法，所述鉴定方法包括如下步骤：

(a)获得待检物种的参考基因组信息，记为Ref；

(b)获得待检样本P1和P2的每个多态性位点的变异类型并统计每个多态性位点上的变异类出现次数的分布；

(c)按照式I计算待检样本P1和P2的亲缘关系值：

V＝cor(RF(P1),RF(P2)) 式I；

式I中，V为待检样本的亲缘关系值，RF(P1)为待检样本P1在每个多态性位点上RF值组成的向量，RF(P2)为待检样本P2在每个多态性位点上RF值组成的向量，RF值为待检样本与Ref中在同一多态性位点具有相同变异类型出现的次数/待检样本所有变异类型出现次数；

(d)获取不同亲缘关系的亲缘关系值：

获得待检种群多态性位点变异类型的频率作为先验频率信息；

根据先验频率信息模拟不同种类亲缘关系的N对样本组；并按照式I获得每对样本的亲缘关系值记为Vi(k)，其中，i为自然数，每个自然数代表一种亲缘关系，k为1，2,3…N；

(e)将待检样本P1和P2的亲缘关系值分别与不同亲缘关系样本组的亲缘关系值按照式II进行T检验，得到不同亲缘关系的置信区间，记为CI(Ti)；

Ti＝t.test((V-Vi)/mean(Vi),conf.level＝0.99) 式II；

式II中，Vi为同一亲缘关系N对样本组的亲缘关系值的集合；

(f)待检样本P1和P2亲缘关系的确定：