[发明专利]低钾条件下影响水稻苗期根数的QTL qRN5a及其应用

权利要求书

1.低钾条件下影响水稻苗期根数的QTL qRN5a，其特征在于，所述qRN5a位于水稻5号染色体InDel标记A99和A139之间48.8-kb的区间内。

2.与权利要求1所述qRN5a紧密连锁的分子标记，其特征在于，包括15个SNP标记SNP1～SNP15和3个InDel标记InDel1～InDel3；

其中，SNP1位于水稻基因Os05g0346700CDS序列第142bp，多态性为A/G；SNP2位于水稻基因LOC_Os05g27980CDS序列第442bp，多态性为G/T；SNP3位于水稻基因LOC_Os05g28000CDS序列第347bp，多态性为A/G；SNP4位于水稻基因LOC_Os05g28000CDS序列第409bp，多态性为T/C；

SNP5～SNP13分别位于水稻基因Os05g0346700ATG起始密码子上游第-115、-186、-194、-405、-436、-589、-599、-714和-770bp，多态性分别为C/T、A/G、A/G、T/C、G/A、T/C、G/A、G/A和C/T；SNP14位于水稻基因LOC_Os05g27980ATG起始密码子上游第-1054bp，多态性为T/A；SNP15位于水稻基因LOC_Os05g28000ATG起始密码子上游第-586bp，多态性为A/G；

InDel1位于水稻基因Os05g0346700ATG起始密码子上游第-515～-500bp，多态性为TATGGCAGGATTGTCC/-；

InDel2位于水稻基因LOC_Os05g27980ATG起始密码子上游第-4～-5bp，多态性为--/AG；

InDel3位于水稻基因LOC_Os05g27980ATG起始密码子上游第-1109bp，多态性为-/A。

3.用于扩增权利要求2所述分子标记的引物，其特征在于，扩增各分子标记的引物如下：

扩增SNP1的正向引物和反向引物序列分别为SEQ ID NO：13和14；

扩增SNP2的正向引物和反向引物序列分别为SEQ ID NO：15和16；

扩增SNP3和SNP4的正向引物和反向引物序列分别为SEQ ID NO：17和18；

扩增SNP5～SNP13和InDel1的正向引物和反向引物序列分别为SEQ ID NO：19和20、SEQID NO：21和22以及SEQ ID NO：23和24；

扩增SNP14、InDel2和InDel3的正向引物和反向引物序列分别为SEQ ID NO：25和26、SEQ ID NO：27和28以及SEQ ID NO：29和30；

扩增SNP15的正向引物和反向引物序列分别为SEQ ID NO：31和32、SEQ ID NO：33和34以及SEQ ID NO：35和36。

4.权利要求2所述分子标记或其检测试剂的以下任一应用：

(1)用于低钾条件下水稻苗期根系性状的鉴定；

(2)用于耐低钾胁迫水稻材料的早期预测；

(3)用于鉴定低钾条件下影响水稻苗期根数的QTL qRN5a位点；

(4)用于水稻基因Os05g0346700、LOC_Os05g27980和LOC_Os05g28000的基因分型；

(5)用于耐低钾水稻种质资源鉴定或分子标记辅助育种。

5.权利要求1所述qRN5a的以下任一应用：

(1)调控植物根系生长发育；

(2)调控植物苗期低钾条件下根系性状；

(3)植物品种改良；

(4)制备转基因植物；

(5)促进水稻根组织中OsIAA23基因的表达；

(6)抑制水稻根组织中OsHAK5基因的表达；

所述调控为正调控；

所述根系性状为根数；

优选地，所述植物为禾本科植物，更优选水稻。