[发明专利]一种基于CRISPR技术检测手足口病的方法

权利要求书

1.一种基于CRISPR技术检测样品中靶核酸的方法，所述方法包括将样品与V型或VI型CRISPR/CAS效应蛋白、gRNA(指导RNA)和单链核酸检测器接触；所述gRNA包括与所述CRISPR/CAS效应蛋白结合的区域和与所述靶核酸杂交的导向序列；检测由CRISPR/CAS效应蛋白切割单链核酸检测器产生的可检测信号，从而检测所述靶核酸；所述靶核酸为病毒核酸，所述病毒可以引发手足口病。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述病毒核酸为来源于肠道病毒的核酸；

优选的，所述肠道病毒选自柯萨奇病毒A组4型、柯萨奇病毒A组5型、柯萨奇病毒A组6型、柯萨奇病毒A组7型、柯萨奇病毒A组9型、柯萨奇病毒A组10型、柯萨奇病毒A组16型、柯萨奇病毒B组1型、柯萨奇病毒B组2型、柯萨奇病毒B组3型、柯萨奇病毒B组5型、肠道病毒71型(EV 71)中的一种或任意几种组合；

更优选的，所述肠道病毒为肠道病毒71型(EV 71)。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述V型Cas蛋白选自Cas12、Cas14家族蛋白的任意一种或任意几种组合；优选的，所述Cas12家族蛋白选自Cas12i、Cas12j、Cas12a、Cas12b、Cas12d、Cas12e、Cas12f、Cas12g、Cas12h中的一种或任意几种组合；更优选的，所述Cas12家族蛋白为Cas12i、Cas12j、Cas12a、Cas12b中的一种或任意几种组合物；所述VI型Cas蛋白选自Cas13家族蛋白，优选的，所述Cas13家族蛋白包括Cas13a、Cas13b。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述可检测信号通过以下方式进行检测：基于视觉的检测，基于传感器的检测，颜色检测，基于金纳米颗粒的检测，荧光偏振，胶体相变/分散，电化学检测和基于半导体的检测。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括从样品中获得靶核酸的步骤；优选的，采用扩增的方法从样品中获得靶核酸；更优选的，所述扩增选自PCR、基于核酸测序的扩增(NASBA)、重组酶聚合酶扩增(RPA)、环介导的等温扩增(LAMP)、链置换扩增(SDA)、解旋酶依赖性扩增(HDA)、或切口酶扩增反应(NEAR)、多重置换扩增(MDA)、滚环扩增(RCA)、连接酶链反应(LCR)、或衍生物扩增方法(RAM)中的一种或任意几种。

6.一种用于检测手足口病的系统或组合物或试剂盒，所述系统或组合物或试剂盒包括权利要求1-5任一权利要求中所述的V型或VI型CRISPR/CAS效应蛋白、gRNA和单链核酸检测器；所述gRNA包括与所述CRISPR/CAS效应蛋白结合的区域和与所述病毒核酸杂交的导向序列。

7.用于扩增或检测肠道病毒71型(EV 71)的LAMP引物组，所述引物组包括引物EV71-FIP、EV71-BIP、EV71-F3、EV71-B3、EV71-LF和EV71-LR；其特征在于，所述引物EV71-FIP、EV71-BIP、EV71-F3、EV71-B3、EV71-LF和EV71-LR的序列分别如SEQ ID NO：1-6所示。

8.一种检测手足口病的试剂，所述试剂包括权利要求7所述的引物组；优选的，所述试剂还包括权利要求1-5任一权利要求中所述的V型或VI型Cas蛋白、gRNA和单链核酸检测器。

9.权利要求7所述的引物组或权利要求8所述的试剂在检测手足口病中的用途。

10.权利要求7所述的引物组或权利要求8所述的试剂在制备用于检测和/或诊断手足口病中的用途。