[发明专利]基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法及应用

权利要求书

1.一种基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

数据获取：获取同组trio样本的NGS测序数据；

突变位点筛选：分别选取每一个样本中符合预定条件的突变位点，定义为该样本的合格突变位点，被筛选去除的突变位点定位为该样本的不合格突变位点；

位点数据合并：将同组trio样本中所有样本的不合格突变位点取并集，获取并集中各不合格突变位点的染色体坐标，从每个样本的合格位点中剔除与上述不合格位点坐标一致的突变位点；再根据该组样本中剩余的合格突变位点，互相补充无突变位置处的基因分型为与参考序列一致的纯合位点；

遗传模式分类：对每个突变位点的trio组合进行遗传模式的分类，将突变位点分为：符合双亲遗传的位点、只符合单亲遗传的位点和不符合遗传规律的位点；

亲系判断：如不符合遗传规律的位点小于预定值，则进行后续分析，如不符合遗传规律的位点大于等于预定值，则判断为样本不合格；

判断单亲片段：如只符合单亲父源遗传的连续位点覆盖范围超过预定值，则判断为单亲父源来源的片段；如只符合单亲母源遗传的连续位点覆盖范围超过预定值，则判断为单亲母源来源的片段；

判断UPD：对上述判断为单亲片段的测序数据覆盖深度进行分析，如提示该区段为单拷贝，则判定为片段缺失；否则判定为UPD区段；

致病性UPD筛查：核查上述UPD区段是否覆盖到印记基因或对应条带，如无覆盖，则判定为良性UPD，如有覆盖，则提示具有致病性UPD风险。

2.根据权利要求1所述的基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法，其特征在于，所述突变位点筛选步骤中，按照如下方法选取突变位点：

1)在NGS测序数据中筛选高质量突变位点；

2)去除位于Y染色体上的突变位点；

3)筛选其中的点突变位点；

4)根据Hardy-Weinberg平衡排除疑似假阳性位点；

5)对于杂合位点去除突变频率高于70％的位点，对于纯合位点去除频率低于85％的的位点；

6)将每个位置的突变分型，去除分型数多于2种的位点；

7)剩余位点即为符合预定条件的突变位点。

3.根据权利要求1所述的基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法，其特征在于，所述突变位点筛选步骤中：所述高质量突变位点为符合以下标准的突变位点：GATK-VQSR质控PASS、总覆盖20X、突变频率25％。

4.根据权利要求1-3任一项所述的基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法，其特征在于，所述数据获取步骤中，所述同组trio样本中包括父系样本、母系样本和先证者样本；

所述位点数据合并步骤中，将坐标一致的突变位点数据按照先证者-父-母的顺序排列。

5.根据权利要求4所述的基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法，其特征在于，所述遗传模式分类步骤中，将符合双亲遗传的位点分为：

1型：只符合双亲遗传的位点；

0型：既符合双亲遗传、也符合单亲遗传的位点；

将只符合单亲遗传的位点分为：

3F型：只能由父源单体拯救产生的位点；

2F型：可能由父源单体拯救，也可能由父源三体拯救产生的位点；

3M型：只能由母源单体拯救产生的位点；

2M型：可能由母源单体拯救，也可能由母源三体拯救产生的位点；

将不符合遗传规律的位点分为：

-1型：父母中任一方不符合遗传规律；

-2型：父母双方不符合遗传规律。

6.根据权利要求5所述的基于NGS-trio的单亲二倍体检测方法，其特征在于，所述判断单亲片段步骤中，如达到连续8个以上2F或3F型的位点，覆盖范围超过1Mbp，即判断为单亲父源来源的片段；如达到连续8个以上2M或3M型的位点，覆盖范围超过1Mbp，即判断为单亲母源来源的片段。