[发明专利]一种基于KASP检测鸡青胫Id基因多态性位点分型的方法

说明书

本发明提供了一种基于KASP检测鸡青胫Id基因多态性位点分型的方法，根据青胫控制基因位点设计引物，所述引物包括第一引物、第二引物、第三引物；所述第一引物的核苷酸序列为：SEQ ID No.1，所述第二引物的核苷酸序列为：SEQ ID No.2，所述第三引物的核苷酸序列为：SEQ ID No.3；然后建立PCR体系；之后设置空白对照，将所述PCR体系中的DNA以等量的ddH2O代替，作为所述空白对照；扩增所述PCR；最后扫描数据得到青胫控制基因的分型结果；本发明用于进行相关性状的研究和基因功能的探索。

技术领域

本发明涉及分子标记育种领域，具体涉及一种基于KASP检测鸡青胫Id基因多态性位点分型的方法。

背景技术

鸡的胫色具有多样性，家禽的胫色主要包括白色、黄色、青色和豆绿色等颜色。与皮肤性状一样，鸡的胫色性状也是重要的质量性状，丰富多样的胫色表型由基因调控黑色素和类胡萝卜素在胫部的沉积而决定的。早期的研究发现控制胫色的关键基因是真皮黑色素抑制基因，该基因的遗传方式为不完全显性的伴性遗传。当该基因不表达时，家禽个体表现出青胫性状。Smyth等发现24号染色体上的W基因座和Z染色体上的Id基因座是影响胫色的主要遗传因素，W和Id相互作用会造成胫色的多样性。Siwek等报道与前人的结论一致，通过24号染色体和Z染色体上的单核苷酸多态性GGA24和GGAZ关联性分析表明，浅绿色的胫色表型与隐性等位基因位点W和Id有着显著的关系。

胫色性状相关基因位点有W位点和Id基因，W位点已经被确定为24号染色体上的BCDO2基因，但是Id基因的具体位置还是扑朔迷离。关于Id基因的定位工作开始已久，最早在1988年，Bitgood等发现Z染色体上的B，Id，TB，y位点之间存在连锁关系，四个位点呈现出B-Id-TB-y的线性关系。研究者在2004年使用物理图谱定位的方法，发现Id位点在Z染色体上与ACO1相距约20cM的长臂末端处。2009年，国外研究者Dorshorst利用F2代基因分离群体，应用全基因组关联分析的方法，发现Id基因位于Z染色体上67.1-72.3Mb之间的物理区间内。在2010年，Dorshorst等人通过进一步研究精确了Id的位置，发现Z染色体72.31Mb位置处的一个与青胫性状显著相关的SNP(rs14686603)，同时预测Id的候选基因可能是B4GALT1。随后，研究报道了Id基因与Z染色体的71,945,632-73,291,823bp区域紧密连锁。在2014年，研究者建立了固始鸡-安卡鸡F2代资源群体，采集极端胫色表型的个体的血液样本构建DNA混池，使用目标序列捕获测序的方法将Id基因定位更加精细，定位于Z染色体71.58-72.18Mb之间0.4Mb的区段内。后续的研究者通过高通量测序和GWAS的方法将Id

基因定位区间缩小，并发现了大量的候选基因。但是，Id基因的具体位置仍是学术界需要解决的一个重要难题，这关乎相关性状的研究和基因功能的探索任务的顺利进行。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是克服现有技术中存在的不足，提供一种

本发明是通过以下技术方案予以实现：

一种基于KASP检测鸡青胫Id基因多态性位点分型的方法，具体步骤如下：

S1：根据固始鸡、丝羽乌骨鸡与海赛克斯A系的青胫控制基因位点设计引物，所述引物包括第一引物、第二引物、第三引物；所述第一引物的核苷酸序列为：SEQ ID No.1，所述第二引物的核苷酸序列为：SEQ ID No.2，所述第三引物的核苷酸序列为：SEQ ID No.3；

S2：建立PCR体系；

S3：设置空白对照，将所述PCR体系中的DNA以等量的ddH2O代替，作为所述空白对照；

S4：扩增所述PCR；

S5：扫描数据得到青胫控制基因的分型结果。