[发明专利]一种猪低背膘厚基因组及分子标记方法及其育种应用

说明书

本发明公开了一种与猪背膘厚性状相关的基因组和分子标记方法及其育种应用，其特征在于所述基因序列Seq ID No：4为存在于猪线粒体基因组D‑Loop区的单倍型H4的核苷酸序列分子，利用分子标记方法来标记和确定的具有所述单倍型H4的猪进行育种，本发明的有益效果是：创造性地发现猪线粒体基因D‑Loop区单倍型H4的6月龄母猪背膘厚极显著低于其它单倍型，即单倍型H4与低猪背膘厚性状相关，并通过检测猪线粒体基因组D‑Loop区的单倍型H4作为与猪低背膘厚相关联的分子育种标记，不仅方法简便快速，而且不受环境影响，并可实现早期选种。

技术领域：

本发明属于分子遗传学及育种技术领域，更具体地涉及与猪背膘厚性状相关的线粒体基因组和多态位点分子标记方法及其育种应用。

背景技术：

我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。

背膘厚是猪重要的经济性状，受到遗传和环境因素的共同影响。其中，脂肪沉积是影响猪背膘厚性状的关键因素。因此，背膘厚一直是猪育种目标的重要组成部分，背膘的厚薄不仅与瘦肉率有关，对于生长速度的影响也很巨大，因此其育种价值很高。但是，由于背膘厚等指标只能在动物长成之后才能测定，一方面加大了育种成本，另一方面拉长了世代间隔，遗传进展缓慢。分子生物技术的飞速发展和猪遗传连锁图谱的构建，为背膘厚等数量性状开展育种更准确、进展更快速的分子育种提供了研究基础。另一方面，由于猪是人类研究的一种重要的模式动物，因此，找到猪对背膘有影响的基因有可能对人类的肥胖的研究提供一定的借鉴意义。

全基因组关联分析是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的分子标记开发、群体遗传分析、全基因组关联分析以及基因组选择育种等研究中。

发明内容：

基于上述的原因，本发明通过筛选出猪低背膘厚的基因标记，建立猪分子标记辅助育种方法，为猪低背膘厚品种的培育提供基因标记和技术方法。

具体技术方案为：包括猪低背膘厚基因组，其特征在于所述基因组的核苷酸序列为Seq ID No：4所示序列，该序列与猪低背膘厚性状相关。

所述的基因序列Seq ID No：4为存在于猪线粒体基因组D-Loop区的单倍型H4的核苷酸序列。

所述的基因组，存在于猪线粒体基因组D-Loop区的所述单倍型H4的核苷酸序列Seq ID No：4所示序列与猪低背膘厚性状相关。

一种利用猪低背膘厚基因组进行分子标记的方法，与低猪背膘厚性状相关的基因组的序列为所述的Seq ID No：4所示序列，所述基因序列为存在于猪线粒体基因组D-Loop区的单倍型H4的核苷酸序列，具体的标记方法为：

(1)猪基因组DNA的获得；

(2)以步骤(1)的猪基因组DNA为模板，扩增线粒体基因组D-Loop区序列；

(3)鉴定线粒体基因组D-Loop区的单倍型；

所述线粒体基因组D-Loop区的单倍型是以Seq ID No：1(DLOOPF)和Seq ID No：2(DLOOPR)所示的特异性引物PCR扩增所得到的Seq ID No：3所示序列；

(4)检测并筛选在线粒体基因组D-Loop区为单倍型H4的猪，所述单倍型H4的基因序列为Seq ID No：4所示序列。

所述引物DLOOP中：