[发明专利]与茄子果色的上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记与应用

说明书

本发明公开了与茄子果色的上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记与应用，所述上位性基因Y与InDel分子标记均定位于茄子的2号染色体上，所述InDel分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，在父本中与上位基因Y的遗传距离为0.65cM；用于检测该InDel分子标记的引物对的序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。该InDel分子标记及分子标记检测引物可以简便、快速、高通量地应用于茄子果色选育实践中，同时为克隆茄子果色上位性基因Y及其功能研究奠定了良好的基础。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，特别涉及分子遗传学领域，具体涉及与茄子果色的上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记与应用。

背景技术

茄子的果色直接影响茄子的品相，是果实重要的商品外观品质。茄子的果色丰富，有紫黑、紫红、绿色和白色等。不同地区由于消费习惯不同，对茄子的果色有着不同的偏好。因此，茄子果色是重要的育种目标。

茄子果色遗传是多基因控制的复杂性状(庞文龙，刘富中，陈钰辉等.茄子果色性状的遗传研究[J].园艺学报，2008，35(7)：979-986.)，研究茄子果色相关基因，寻找与果皮颜色相关基因连锁的标记，不仅有利于研究性状本身的遗传机理，也可以通过分子标记来辅助育种，提高选择效率。

InDel(Insertion-deletion，插入缺失序列)分子标记是指同一物种个体之间或是近缘物种发生碱基序列缺失或插入。在基因组中InDel的密度仅次于SNPs，其数目多且分布广泛。由于InDel分子标记本身的丰富性，随着高通量测序的发展使其适用于全基因组，具有以下优点：其多态性分布在种间和种内，具有通用性；其检测方法便捷且技术要求低等，现在普遍被应用于分子辅助遗传育种、群体遗传分析和遗传图谱构建等方面。在InDel分子标记技术通常基于聚合酶链式反应(PCR)扩增技术，本质上属于长度多态性标记。InDel分子标记技术具有共显性、操作简便和稳定性好等特点，是一种较理想的分子标记技术。

目前有关茄子果色上位性基因位点的染色体定位及其相关分子标记的研究尚不完善。因此，进一步开展茄子果色上位性基因及其分子标记研究，可以为茄子果色上位性基因分子标记辅助选择育种及基因精细定位克隆奠定基础。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与茄子果色上位基因Y紧密连锁的InDel分子标记与应用。

本发明所采用的技术方案是：

在本发明的第一方面，提供了与茄子果色的上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记，所述InDel分子标记为具有长度为18bp的插入缺失片段，所述InDel分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示。

在本发明中，所述InDel分子标记为插入缺失片段，在母本(基因型为YY)中的核苷酸序列比父本(基因型为yy)多了18bp的碱基插入，序列为：5'-TACTTAAATAAGGAAAGA-3'(SEQ ID NO.1)。

在本发明中，所述Y基因定位于茄子的2号染色体上，关联区域为86.4-88.2cM之间。基于重测序结果，在关联区域附近得到与茄子果色上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记，InDel分子标记与上位基因Y的遗传距离为0.65cM。

在本发明的第二方面，提供了用于检测上述与茄子果色的上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记的引物对。

根据发明的一些实施方式，所述引物对的序列为：

72621614 F：5'-TTCCTTTTGAAGATCCACTATTT-3'(SEQ ID NO.2)，

72621614 R：5'-ATGTTGGTTTGATTGGACCTTTT-3'(SEQ ID NO.3)。